行政机关将履职申请以告知书代替答复意见书，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 形式合法性角度：

   • 行政机关在处理履职申请时，应当遵循法定的程序和形式。如果相关法律法规或规章明确规定了行政机关必须以答复意见书的形式回应履职申请，那么行政机关以告知书代替答复意见书的行为就可能构成形式上的不合法。
   • 反之，如果法律法规或规章并未明确规定回应的具体形式，或者允许行政机关根据实际情况选择适当的回应方式，那么行政机关以告知书代替答复意见书，在形式上可能并不违法。

2. 内容合法性角度：

   • 无论行政机关以何种形式回应履职申请，其回应内容都必须符合法律法规的规定，必须真实、准确、完整地反映行政机关对履职申请的处理意见和结果。
   • 如果告知书的内容与答复意见书应包含的内容一致，且同样满足了法律法规对回应内容的要求，那么以告知书代替答复意见书在内容上可能是合法的。
   • 如果告知书的内容存在遗漏、错误或不完整，未能充分反映行政机关对履职申请的处理意见和结果，那么即使以告知书的形式回应，也可能构成内容上的不合法。

3. 程序正当性角度：

   • 行政机关在处理履职申请时，应当遵循正当的程序原则，包括公开、公正、公平等。这要求行政机关在回应履职申请时，应当给予申请人充分的陈述和申辩机会，确保处理过程的透明度和公正性。
   • 如果行政机关以告知书代替答复意见书，但并未因此剥夺申请人的陈述和申辩权利，且处理过程符合正当程序原则的要求，那么这一行为在程序上可能是合法的。
   • 如果行政机关以告知书代替答复意见书，且因此导致处理过程不透明、不公正，或者剥夺了申请人的合法权益，那么这一行为在程序上就可能构成违法。

法律建议：

• 对于行政机关而言，应当严格遵守相关法律法规和规章的规定，明确回应履职申请的具体形式和内容要求，确保处理过程的合法性和正当性。
• 对于申请人而言，如果认为行政机关以告知书代替答复意见书的行为违法或不当，可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果行政机关的行为被认定为违法或不当，可能会面临被撤销、变更或确认违法的法律后果，同时可能需要承担相应的赔偿责任。
• 对于申请人而言，如果其合法权益受到侵害，可以通过法律途径获得救济和赔偿。

在实际操作中，如果遇到类似情况，建议根据具体情况咨询专业律师，以便更准确地判断行政机关的行为是否合法，并采取相应的法律措施维护自己的权益。