占用水库淹没区进行移民后扶项目建设是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若项目建设符合相关规划与审批程序：
- 如果移民后扶项目的建设是依据国家或地方的相关规划，并且已经获得了必要的审批手续，如环境影响评价、用地审批等，同时符合水库淹没区的管理规定，那么这样的建设行为通常是合法的。因为在此情况下，项目建设已经充分考虑了水库淹没区的特殊性和敏感性，确保了不会对水库的安全、生态环境以及移民的权益造成不利影响。
若项目建设未获得审批或违反相关规定：
- 如果项目建设未经审批，或者虽然获得了审批但违反了审批中的限制条件，如超出了用地范围、改变了土地用途、未按照环保要求进行建设等，那么这样的建设行为就是违法的。因为水库淹没区往往涉及到水库的安全运行、生态环境的保护以及移民的切身利益，任何未经批准或违反规定的建设行为都可能对这些方面造成损害。
法律背景与建议：
- 法律背景：水库淹没区的管理通常受到《水法》、《防洪法》、《土地管理法》以及相关的地方性法规和规章的规范。这些法律法规对水库淹没区的用地、建设、环保等方面都有明确的规定和要求。
- 建议：
- 对于政府或相关部门来说，在推进移民后扶项目建设时，应严格遵守相关法律法规和规划要求，确保项目的合法性和合规性。
- 对于移民或当地居民来说，如果发现项目建设存在违法或违规行为，可以向相关部门进行举报或投诉，以维护自己的合法权益。
- 如果您对具体的项目建设行为是否违法存在疑问，建议收集相关证据材料，如项目规划、审批文件、现场照片等，以便更准确地判断其合法性。
可能的法律后果：
- 如果项目建设被认定为违法，相关部门可能会责令停止建设、限期拆除或恢复原状，并可能处以罚款等行政处罚。
- 如果违法建设行为对水库安全、生态环境或移民权益造成了损害，还可能面临民事赔偿或刑事责任等法律后果。
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