水库移民后期扶持养殖项目亏损是否由移民承担，需根据具体情况判断，一般而言，若亏损非因移民自身过错导致，则不应由移民承担。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：如果移民与相关部门或企业在签订扶持养殖项目合同时，明确约定了亏损的承担方式，如因市场风险、自然灾害等不可抗力因素导致的亏损由哪方承担，那么应按照合同约定执行。若合同约定亏损由移民承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则移民可能需要承担相应亏损。但需注意，合同条款应公平合理，不得显失公平或存在欺诈、胁迫等情形，否则移民可依法主张撤销或变更合同。
2. 合同无明确约定：若合同未对亏损承担作出明确约定，则应根据相关法律法规和公平原则进行判断。在此情况下，若亏损非因移民自身过错导致，如因政策调整、市场变化等不可抗力因素，或因相关部门或企业未履行合同义务（如提供的技术支持、市场信息等不到位）导致亏损，则不应由移民承担。

二、法律法规角度

1. 水库移民安置条例：根据《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》等相关规定，水库移民后期扶持应遵循政府引导、移民自愿、市场运作、社会参与的原则。扶持项目应充分考虑移民的意愿和实际情况，确保移民能够从中受益。若扶持项目因非移民原因导致亏损，相关部门或企业应承担相应责任，而非将亏损转嫁给移民。
2. 公平原则：在法律没有明确规定的情况下，应遵循公平原则进行判断。若亏损非因移民自身过错导致，且移民在项目中已尽到合理注意义务和勤勉义务，则要求移民承担亏损显失公平。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：移民应仔细审查与相关部门或企业签订的扶持养殖项目合同，了解合同中关于亏损承担的约定。如合同存在不公平、不合理条款，可依法主张撤销或变更合同。
2. 收集证据：若移民认为亏损非因自身过错导致，应收集相关证据（如市场分析报告、政策调整文件、技术支持记录等）以证明亏损原因。
3. 协商解决：在发生亏损后，移民可与相关部门或企业进行协商，寻求合理解决方案。如协商无果，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

若您在水库移民后期扶持养殖项目中遇到亏损问题，且对亏损承担存在疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律建议。