结论：设计变更仅盖了设计分公司的章且无项目负责人签字，可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同效力及行为效力的规定，同时也可能违反了相关行业规范或公司内部规定。具体是否违法及违法性质，需结合实际情况及具体法律法规、行业规范进行判断。
详细分析：
从合同效力角度分析：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（包括设计变更协议）的成立和生效需要满足一定的条件，如双方意思表示真实、合同内容合法合规、合同形式符合法定或约定要求等。若设计变更协议仅盖了设计分公司的章且无项目负责人签字，可能引发对合同效力的质疑。
- 可能后果：如果设计变更协议被认定为无效或可撤销，那么基于该协议所进行的设计变更可能无法得到法律认可，相关方可能需承担因此产生的法律责任，如返工、赔偿损失等。
从行为效力角度分析：
- 法律依据：除了合同效力外，还需考虑设计变更行为本身是否符合法律法规、行业规范或公司内部规定。例如，某些行业可能要求设计变更必须经过特定程序或获得特定人员的批准。
- 可能后果：如果设计变更行为违反了相关法律法规、行业规范或公司内部规定，相关方可能面临行政处罚、行业制裁或公司内部纪律处分等后果。
从实际操作角度分析：
- 行业规范：不同行业对设计变更的程序和要求可能有所不同。例如，在建筑行业，设计变更通常需要经过设计单位、施工单位、监理单位等多方确认，并可能需报相关部门备案。
- 公司内部规定：公司内部也可能对设计变更有具体规定，如需经过特定层级审批、需项目负责人签字确认等。
- 可能后果：如果未按照行业规范或公司内部规定进行设计变更，可能导致变更无效、影响项目进度或质量、引发纠纷等后果。
建议：
- 核实合同效力：首先核实设计变更协议是否满足合同成立和生效的条件，特别是关于签字和盖章的要求。
- 遵守行业规范：了解并遵守所在行业对设计变更的程序和要求，确保变更行为合法合规。
- 遵循公司规定：如果公司内部对设计变更有具体规定，应严格按照规定执行，避免引发不必要的纠纷。
- 咨询专业意见：如有需要，可咨询专业律师或相关行业专家，以获取更具体、更专业的法律意见和建议。
进一步思考：
- 在实际操作中，设计变更的合法性和有效性往往受到多种因素的影响，包括合同条款、行业规范、公司规定以及具体执行情况等。因此，在处理设计变更相关问题时，应综合考虑各种因素，确保变更行为合法合规、有效可行。
- 如果设计变更已经发生且存在争议，相关方应积极协商解决，必要时可通过法律途径维护自身权益。在此过程中，专业律师的协助将起到至关重要的作用。