结论：在房子登记为两人名字但协议约定给男方的情况下，女方是否可以过户取决于多种因素，包括协议的性质、是否办理了过户登记手续以及是否存在其他法律障碍等。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与过户可能性
如果协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定：
- 这种情况下，协议通常具有法律效力。若协议明确约定房屋归男方所有，且双方均同意按照协议履行，那么理论上女方应当配合男方办理过户手续，将房屋过户至男方名下。
- 实际操作中，过户需要双方共同到不动产登记机构办理相关手续，并提交必要的材料，如身份证、房产证、过户协议等。若女方拒绝配合，男方可能需要通过法律途径（如起诉要求女方履行过户义务）来解决。
如果协议存在瑕疵或无效情形：
- 例如，协议是在一方受欺诈、胁迫的情况下签订的，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定（如涉及违法建筑等），那么协议可能被认定为无效或可撤销。
- 在这种情况下，房屋的所有权可能不会按照协议的约定进行转移，过户手续也可能无法办理。此时，双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。
二、过户登记手续的重要性
- 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力：这是《中华人民共和国民法典》中关于不动产物权变动的规定。因此，即使双方签订了协议约定房屋归男方所有，但如果未办理过户登记手续，房屋的所有权仍然属于双方共同所有（或原登记的所有权人）。
- 若想确保房屋所有权转移至男方名下，双方必须共同到不动产登记机构办理过户登记手续。这是保障男方权益的重要步骤。
三、其他法律障碍
- 如果房屋存在抵押、查封等限制转让的情形：那么即使双方签订了协议并同意过户，也可能因为存在法律障碍而无法办理过户手续。
- 在这种情况下，双方需要先解除房屋上的抵押、查封等限制转让的情形，然后再办理过户手续。
四、法律建议
- 双方应仔细审查协议内容：确保协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定。
- 及时办理过户登记手续：在协议签订后，双方应尽快共同到不动产登记机构办理过户登记手续，以保障男方的权益。
- 若遇到法律障碍或争议：建议双方及时咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，以便更好地维护自己的权益。
最后，房产过户是一个涉及法律权益的重要事项，建议双方在办理过程中保持谨慎和理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。