核心结论：在法院判决工程款由负责人支付货款，但供货商发票已提交给用货单位的情况下，负责人仍需支付货款，同时可通过协商或法律途径解决发票问题。以下是具体分析：

1. 货款支付义务：

   • 法院判决具有法律效力，一旦判决工程款由负责人支付货款，负责人就必须履行这一支付义务。发票的提交情况并不影响负责人支付货款的法律责任。负责人不能以发票已提交给用货单位为由，拒绝支付货款。

2. 发票问题处理：

   • 协商解决：负责人可以与供货商和用货单位进行协商，看是否能够从用货单位处取得发票的复印件或相关证明，以便在支付货款后进行财务处理。或者，协商由供货商重新开具发票给负责人（如果符合税务规定且各方同意）。
   • 法律途径：如果协商无果，负责人可以考虑通过法律途径解决发票问题。例如，如果因为发票问题导致负责人无法进行正常的财务报销或税务处理，负责人可以起诉供货商或用货单位，要求其提供必要的发票或证明文件，或者赔偿因无法取得发票而造成的损失。但这一步骤需要谨慎考虑，因为可能涉及额外的法律费用和时间成本。

3. 实际操作建议：

   • 在支付货款前，负责人应与供货商和用货单位明确发票的交付和接收情况，并保留好相关证据（如发票复印件、交付记录等）。
   • 如果可能的话，在支付货款时，可以要求供货商或用货单位提供书面确认，说明发票的交付情况，并承诺在必要时提供协助。
   • 如果遇到发票问题导致支付困难或财务纠纷，及时咨询专业律师或税务专家，以便得到更具体的指导和建议。