结论：公司合同由个人签订，但付款公司是另一主体，这种情形下签订委托书是否违法需分情况讨论，关键在于是否符合法律规定及合同相对性原则。以下从不同角度详细分析：
一、合同签订主体与付款主体不一致的法律分析
合同相对性原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。若合同是由个人签订，但实际付款方是另一公司，这本身并不直接构成违法，关键在于合同内容是否明确约定了付款方，以及各方是否对此达成一致。
委托书的作用与合法性：
- 如果个人在签订合同时，是受另一公司委托代为签订，且已出具合法有效的委托书，明确授权个人代为签订合同并处理相关事宜，那么这种行为是合法的。委托书应明确载明委托事项、权限和期限等关键信息。
- 若未出具委托书或委托书内容不明确，可能导致合同效力争议，甚至引发法律纠纷。
二、可能存在的法律风险与后果
合同效力风险：
- 若合同签订时未明确付款方，且未出具合法委托书，可能导致合同效力受到质疑。在发生纠纷时，法院可能根据合同实际履行情况、各方真实意思表示等因素综合判断合同效力。
责任承担风险：
- 若个人未经授权擅自以公司名义签订合同，可能构成无权代理，需承担由此产生的法律责任。同时，若实际付款公司未履行合同义务，个人也可能因代表行为而卷入纠纷。
三、建议与操作指南
明确合同主体与付款方：
- 在签订合同时，应明确约定合同双方主体及付款方，避免产生歧义。若涉及委托签订，应确保委托书内容明确、合法有效。
完善合同条款与手续：
- 合同应详细列明各方权利义务、付款方式、违约责任等关键条款。同时，确保所有签订手续完备，如签字、盖章等。
寻求法律专业支持：
- 在涉及复杂合同关系或法律风险时，建议寻求专业律师的法律支持，以确保合同合法有效并降低潜在风险。
举例说明：假设A公司委托其员工B代为与C公司签订采购合同，并明确约定由A公司付款。在此情况下，B需出具A公司出具的合法委托书，并在合同中明确约定付款方为A公司。这样，即使合同由B签订，但付款责任仍由A公司承担，且该行为合法有效。
总结：公司合同由个人签订但付款公司是另一主体时，是否违法取决于是否符合法律规定及合同相对性原则。为确保合同合法有效并降低风险，建议明确合同主体与付款方、完善合同条款与手续，并在必要时寻求专业律师的法律支持。如有具体法律问题或需要进一步咨询，请直接向我提问。