公司是否有权利扣迟到的工资，主要取决于公司的规章制度是否合法合规、员工迟到是否给公司造成经济损失以及迟到的具体原因。以下是对这一问题的详细分析：
公司规章制度合法且合理的情况
- 制定程序合法：根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要程序。
- 内容合理且明确：规章制度中关于迟到扣工资的规定应合理且明确，不能过分高于实际损失或显失公平。例如，迟到一分钟扣一天工资这样的规定显然是不合理的。
- 公示或告知劳动者：制定的制度还需要向劳动者进行公示或告知，如通过张贴公告、组织培训学习等方式，让劳动者充分知晓并理解制度内容。
- 合法扣工资：在规章制度合法且合理，且员工迟到确实给公司带来了损失，或规章制度中明确规定了合理的扣罚标准的情况下，公司有权在法定范围内扣工资。但需注意，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
公司规章制度不合法或不合理的情况
- 制定程序不合法：如果公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示，那么该制度对劳动者不具有约束力，公司无权据此扣工资。
- 内容不合法或不合理：如果规章制度中的扣工资标准过高，明显超出法定限额或显失公平，如迟到一分钟扣几十元甚至上百元，那么这样的规定是不合法的，公司无权执行。
- 迟到由特殊原因导致：如果员工迟到是由不可抗力等特殊原因导致，并已及时向公司说明情况并提供证明，那么公司也不应扣工资。
建议与总结：
- 公司角度：公司在制定相关制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知。同时，扣工资行为应有理有据，避免滥用扣工资权力，以免引发不必要的劳动纠纷和法律风险。
- 员工角度：员工应了解自身权益，对于不合理的扣工资行为，可以通过与公司沟通、向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助等方式进行维权。
示例说明：
假设某公司规定，员工迟到一次扣50元工资。如果这一规定是经过民主程序制定、已向劳动者公示，且扣工资数额在合理范围内（如未超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准），那么这一规定是合法的。但如果公司未经民主程序制定这一规定，或者规定迟到一分钟就扣50元（明显不合理），那么这一规定是不合法的，员工有权拒绝执行并维权。
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