结论：公司规定在合伙门店的员工必须签合伙协议，在一定条件下是合法的，但需严格遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性，并避免与劳动法律法规产生冲突。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性基础与条件
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合伙合同的规定，两个以上合伙人为了共同的事业目的，可以订立共享利益、共担风险的协议。因此，只要公司和员工双方达成共同事业目的，并明确共享利益、共担风险，签订合伙协议在法律上是允许的。
协议内容要求：合伙协议必须遵循平等、自愿、公平、诚实信用等原则，内容不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。协议应详细约定双方的权利义务、出资方式、利润分配、亏损分担、入伙与退伙等事项，确保条款清晰明确，避免未来纠纷。例如，可以明确约定员工在合伙门店中的具体职责、出资比例（如有）、利润分配方式以及亏损分担机制等。
二、需特别注意的法律问题
避免与劳动法律法规冲突：合伙协议不应与现有的劳动法律法规产生冲突，特别是关于劳动者的权益保护方面。例如，不能通过合伙协议变相规避公司作为用人单位的法定责任，如社会保险缴纳、最低工资保障等。即使员工成为合伙人，其作为劳动者的基本权益仍应得到保障。
劳动关系与合伙关系的区别：合伙协议与劳动合同在性质和法律适用上存在显著差异。合伙关系不受《劳动法》调整，而是受《民法典》和《合伙企业法》等相关法律法规的调整。即使签订了合伙协议，也不能改变员工与公司之间的劳动关系（如果原本存在劳动关系的话）。员工在执行合伙事务过程中受伤或发生其他劳动争议时，仍可依据《劳动法》等相关法律法规维护自己的合法权益。
特殊行业规定：在某些特殊行业或领域，可能还需要遵守相关行业的特定规定。例如，金融行业对合伙人的资质等可能有特殊要求。因此，在签订合伙协议前，公司应了解并遵守相关行业的规定。
三、合伙协议的有效性与风险防控
确保协议有效性：为确保合伙协议的有效性，双方应充分了解彼此的经济状况、信用情况等，以降低合作风险。同时，协议条款应尽可能详尽且明确，避免未来因解释不清而产生纠纷。例如，可以约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）以及违约责任等。
规避法律风险：公司应避免利用合伙协议规避用人单位应负的法定责任。如果合伙协议被认定为存在部分无效条款，可能会给公司带来不必要的法律风险和经济损失。因此，在签订合伙协议前，公司应咨询专业律师对协议内容进行审核和指导。
四、实际操作建议
明确协议目的：在签订合伙协议前，公司应与员工充分沟通，明确协议的目的和预期效果。确保双方对合伙关系有共同的理解和期望。
详细约定条款：合伙协议应详细约定双方的权利义务、出资方式、利润分配、亏损分担等事项。避免使用模糊或歧义的表述，确保条款清晰明确。
咨询专业律师：在签订合伙协议前，公司应咨询专业律师对协议内容进行审核和指导。确保协议符合法律法规的要求，并降低潜在的法律风险。
保留相关证据：在签订和执行合伙协议过程中，公司应保留相关证据（如沟通记录、协议文本等）。以便在未来发生纠纷时能够证明自己的权益和主张。
最后，如果你在签订或执行合伙协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。