在民间借贷案件中，本金与利息执行完毕后，法院通常会出具一份总的结案证明，而不是分别就本金和利息出具结案证明。以下是对这一问题的详细解释：
一、结案证明的性质与目的
结案证明是法院在案件执行完毕后，向当事人出具的一种法律文书，用于证明案件已经执行完毕，当事人之间的债权债务关系已经得到清偿。其目的在于为当事人提供一个明确的法律凭证，以便在后续的生活或经营活动中，能够证明该笔债务已经得到妥善处理。
二、本金与利息的执行与结案证明
在民间借贷案件中，本金和利息是债权债务关系的重要组成部分。当法院判决或调解确定借款人需要偿还本金和利息后，借款人应当按照判决或调解书的要求履行还款义务。在执行过程中，法院会监督借款人履行还款义务，并在借款人完全履行后，出具结案证明。
统一出具结案证明：由于本金和利息是同一债权债务关系下的不同部分，法院在执行完毕后，通常会出具一份总的结案证明，以证明整个债权债务关系已经得到清偿。这份结案证明会明确记载案件的基本情况、执行过程、执行结果等信息，为当事人提供一个全面的法律凭证。
分别记载本金与利息的履行情况：虽然结案证明是一份总的法律文书，但法院在出具结案证明时，会详细记载本金和利息的履行情况。这包括本金和利息的数额、履行时间、履行方式等信息，以便当事人在需要时能够查阅和核对。
三、特殊情况下的处理
当然，也存在一些特殊情况，比如本金和利息的执行涉及多个执行案件或多个执行阶段。在这种情况下，法院可能会根据实际情况，分别就每个执行案件或执行阶段出具结案证明。但这种情况相对较少，且通常会在执行过程中与当事人进行充分沟通，确保当事人对结案证明的出具方式有明确的了解。
四、法律建议
保留好结案证明：无论法院是出具一份总的结案证明还是分别出具结案证明，当事人都应当妥善保管好这些法律文书。因为结案证明是证明债权债务关系已经得到清偿的重要凭证，对于后续的生活或经营活动具有重要意义。
及时咨询律师：如果在执行过程中或执行完毕后，当事人对结案证明的出具方式、内容等存在疑问或争议，应当及时咨询专业律师。律师可以根据当事人的具体情况和法律规定，为当事人提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，民间借贷的本金与利息执行完毕后，法院通常会出具一份总的结案证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。