结论：员工起诉公司索要工资时，若公司主张员工造成损失并要求赔偿，需分情况处理，具体如下：

1. 损失与工资支付的法律关系
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因本人原因给公司造成经济损失，公司可依据劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，剩余工资不得低于当地最低工资标准。但公司仍需支付员工剩余工资，不能以“损失赔偿”为由完全拒付工资。例如，员工因疏忽导致公司货物损坏，公司可按比例扣除赔偿后支付剩余工资。

2. 损失赔偿的举证责任
   公司需承担举证责任，证明以下三点：

   • 员工存在故意或重大过失（如违反操作规程、擅自离岗等）；
     
   • 损失与员工行为存在直接因果关系（如因员工失误导致合同违约、财产损毁）；
     
   • 损失金额的具体依据（如维修发票、合同违约金条款等）。
     若公司无法提供充分证据，法院可能不支持其赔偿主张。

3. 诉讼中的处理方式

   • 反诉或抗辩：公司可在员工起诉索要工资的案件中，以“损失赔偿”作为抗辩理由，要求抵扣工资；或另行提起反诉，要求员工赔偿损失。
     
   • 独立诉讼：若损失金额较大或与工资纠纷无关，公司可单独起诉员工，要求赔偿。
     
   • 执行阶段处理：若法院判决员工需赔偿，但员工无财产可供执行，公司可申请强制执行其工资（仍需遵守20%的扣除比例）。

4. 实务建议

   • 公司角度：
     
     • 完善劳动合同条款，明确员工造成损失的赔偿责任；
       
     • 发生损失时及时固定证据（如监控录像、书面检讨、第三方鉴定等）；
       
     • 优先通过协商解决，避免激化矛盾。
       
   • 员工角度：
     
     • 若公司拒付工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
       
     • 若公司主张赔偿，可要求其提供损失证据，并核查是否符合扣除比例。

总结：员工索要工资与公司主张损失赔偿是两个独立的法律关系，公司不能以损失为由拒付工资，但可通过合法途径要求赔偿。具体操作需结合证据和案件细节，如有疑问可进一步向我咨询。