结论：

1. 公司有权制定禁烟规定，但无权直接罚款：公司可以出于维护工作环境和员工健康的考虑，制定禁止在禁烟区抽烟的规定。然而，公司并不具备行政处罚权，因此无权直接对员工进行罚款。
2. 若当时未被抓到，后续处罚的合法性存疑：如果员工在禁烟区抽烟时未被抓到，公司后续若进行处罚，其合法性会受到质疑。因为罚款需要明确的证据支持，且公司无权直接罚款。

详细分析：

1. 公司禁烟规定的合理性：

   • 公司为了维护一个健康、安全的工作环境，有权制定禁止在特定区域（如禁烟区）抽烟的规定。这样的规定有助于减少二手烟对其他员工的危害，提高工作效率，并符合公共健康和安全的标准。

2. 公司罚款行为的合法性：

   • 罚款作为一种行政处罚措施，其行使主体必须是具备行政处罚权的行政机关或特定组织。公司作为民事主体，并不具备这样的权力。因此，即使公司制定了禁烟规定，也无权直接对违规抽烟的员工进行罚款。
   • 如果公司想要对违规员工采取惩戒措施，应当选择合法且合理的方式，如警告、扣减绩效分、进行内部培训或调整工作岗位等，而非直接罚款。

3. 后续处罚的合法性及证据要求：

   • 如果员工在禁烟区抽烟时未被抓到，公司后续若要进行处罚，必须提供充分的证据证明员工确实违反了规定。这通常包括监控录像、目击者证言等。
   • 即使公司提供了证据，由于公司无权直接罚款，其后续处罚的合法性仍然存疑。员工有权拒绝接受不合理的处罚，并可以通过法律途径维护自己的权益。

4. 员工权益保护与应对措施：

   • 如果员工因抽烟被公司罚款，首先应与公司进行沟通，指出罚款行为缺乏法律依据，并要求公司退还罚款。
   • 若沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司的不当行为进行调查和处理。
   • 员工还可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

建议：

• 作为员工，应自觉遵守公司的禁烟规定，共同维护一个健康、安全的工作环境。
• 如果公司制定了不合理的处罚措施或进行了不合法的处罚，员工应勇敢站出来维护自己的权益，及时与公司沟通或寻求法律帮助。

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