针对您提出的“停工留薪期员工工作了工资怎么发放”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，停工留薪期是职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受医疗的期间。在此期间，职工的原工资福利待遇是不变的，这是由《工伤保险条例》明确规定的，旨在保障工伤职工的合法权益。

一、工资发放原则

在停工留薪期内，即使员工实际上没有进行工作（因为正在接受医疗），用人单位也应按照员工受伤前的原工资福利待遇标准，按月支付工资。这是用人单位的法定义务，不得因员工未实际工作而拒绝支付或降低支付标准。

二、工资发放标准

1. 原工资福利待遇不变：这通常包括员工受伤前正常出勤情况下的所有货币性收入，如基本工资、岗位工资、绩效工资、奖金、津贴和补贴等。

2. 具体计算方式：

   • 对于实行固定工资制的员工，可以按照受伤前12个月的平均工资来计算停工留薪期的工资。如果员工工作不满12个月，则按照实际工作月数的平均工资来计算。
   • 对于实行计件工资制的员工，可以按照受伤前12个月的平均计件工资来计算，或者参照同工种、同岗位、同级别员工的平均工资来确定。
   • 如果员工的工资高于统筹地区职工平均工资的300%，则按照统筹地区职工平均工资的300%来计算；如果低于60%，则按照60%来计算。

三、特殊情况处理

1. 如果员工在停工留薪期内实际上进行了工作：虽然这种情况在理论上不太常见，因为停工留薪期的主要目的是让员工接受医疗和休息，但如果确实发生了，用人单位仍应按照上述标准支付工资，并且不应因为员工实际工作了而降低支付标准。此外，如果员工的工作超出了其正常的工作职责或范围，用人单位可能还需要考虑支付额外的加班费或津贴。

2. 争议解决：如果用人单位和员工对“原工资福利待遇”有争议，应首先通过协商解决。协商不成的，可以向劳动人事争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

3. 未依法支付的处理：如果用人单位不依法支付停工留薪期工资，员工有权向劳动监察部门投诉。劳动监察部门将责令用人单位限期支付；逾期不支付的，用人单位还需按应付金额50%以上100%以下的标准向员工加付赔偿金。员工也可以通过劳动争议仲裁或诉讼途径来维护自己的权益。

四、其他注意事项

1. 劳动合同保护：在停工留薪期内，用人单位不得解除与员工的劳动合同，也不得降低其工资待遇。

2. 员工义务：员工应积极配合治疗，并及时向用人单位提供相关证明材料，如医疗证明、休假证明等，以确保停工留薪期工资能顺利发放。

综上所述，停工留薪期员工即使工作了，其工资也应按照原工资福利待遇标准发放，这是用人单位的法定义务。如果用人单位未依法支付，员工有权通过法律途径来维护自己的权益。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。