面对挂靠公司不配合起诉的情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
明确挂靠关系及协议内容
- 首先，你需要仔细审查与挂靠公司签订的挂靠协议，明确双方的权利和义务，特别是关于纠纷解决和诉讼配合方面的条款。
- 如果协议中有明确规定挂靠公司应配合起诉的义务，而挂靠公司却拒绝配合，那么你可以依据协议条款来要求其履行义务。
收集证据，准备自行起诉
- 在挂靠公司不配合的情况下，你需要自行收集与案件相关的证据，如合同、交易记录、沟通记录等，以证明你的诉求。
- 准备好起诉状和相关证据材料后，你可以直接向法院提起诉讼，将挂靠公司列为被告或根据实际情况追加其他相关方为共同被告或第三人。
考虑申请法院调查取证
- 如果你在收集证据过程中遇到困难，特别是某些关键证据掌握在挂靠公司手中而其拒绝提供时，你可以向法院申请调查取证。
- 法院有权根据申请，要求挂靠公司提供相关证据或进行调查，以确保案件的公正审理。
寻求法律救济，包括但不限于财产保全
- 在起诉前或起诉过程中，如果担心挂靠公司转移财产或逃避法律责任，你可以向法院申请财产保全措施，如冻结其银行账户、查封其财产等。
- 财产保全可以有效保障你的权益，防止挂靠公司在诉讼期间转移资产，导致判决难以执行。
积极应对诉讼过程，维护自身权益
- 在诉讼过程中，你需要积极配合法院的工作，按时参加庭审，提供证据和陈述意见。
- 如果挂靠公司提出反诉或抗辩，你需要及时准备反驳材料，维护自己的合法权益。
考虑和解或调解
- 在诉讼过程中，你也可以考虑与挂靠公司进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。
- 和解或调解可以节省诉讼成本和时间，同时也有助于维护双方的关系，为未来的合作留下可能性。
法律后果提示：
- 如果挂靠公司不配合起诉且你未能采取有效措施维护自己的权益，可能会导致你的诉求无法得到法院的支持，从而遭受经济损失。
- 另一方面，如果挂靠公司存在违法行为或违反协议约定，你通过法律途径追究其责任，可能会使其面临法律制裁和赔偿责任。
行动建议：
- 在采取任何行动之前，建议你先咨询专业律师（即我，陶立律师，专注于公司事务、合同效力、合同纠纷、合同违约责任领域），以确保你的行动符合法律规定且能够有效维护自己的权益。
- 根据你的具体情况和挂靠协议的内容，我们可以共同制定一个详细的诉讼策略或和解方案，以最大程度地保障你的利益。
如果你有任何进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。