单位纪检部门不让付工程款是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同约定与付款条件：

   • 首先，要查看建设工程合同中关于付款的具体约定。如果合同中明确规定了付款的条件、时间和方式，且纪检部门的阻止行为违反了这些约定，那么这种阻止行为可能构成违约，单位可能需要承担相应的法律责任。
   • 例如，如果合同规定在工程验收合格后支付尾款，而纪检部门在工程已经验收合格的情况下仍阻止付款，这就违反了合同约定。

2. 纪检部门的职责与权限：

   • 纪检部门主要负责监督单位内部的纪律和规章制度执行情况，其职责通常不包括直接干预经济合同的履行。
   • 如果纪检部门以内部纪律或规章制度为由阻止付款，但这些纪律或规章制度与合同约定相冲突，或者纪检部门没有明确的法律依据来阻止付款，那么其阻止行为可能缺乏合法性。

3. 是否存在违法违规行为：

   • 如果纪检部门阻止付款是因为发现工程款支付过程中存在违法违规行为（如贪污、受贿、挪用公款等），那么其阻止行为可能是合法的，旨在保护单位利益和防止损失扩大。
   • 但即便如此，纪检部门也应当通过合法途径（如向相关部门报告、启动内部调查程序等）来处理这些问题，而不是直接阻止付款。

4. 法律后果与救济途径：

   • 如果纪检部门的阻止行为被认定为违法或违约，单位可能需要承担继续履行合同、赔偿损失等法律责任。
   • 对于受到不公正对待的承包商或供应商，他们可以通过法律途径（如提起诉讼或仲裁）来维护自己的合法权益。

建议：

• 如果您作为承包商或供应商遇到这种情况，首先应当仔细审查合同条款，了解自己的权利和义务。
• 然后，可以尝试与单位进行沟通，了解纪检部门阻止付款的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，且您认为自己的权益受到了侵害，可以考虑寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。

在处理这类问题时，务必保持冷静和理性，通过合法途径来解决问题。如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。