结论：签了三方协议后又被军队文职录用，一般情况下并不构成直接冲突，但你需要根据自身情况，仔细审查三方协议内容，并妥善处理与原单位的关系，以确保顺利入职军队文职。
详细分析：
三方协议与军队文职录用的关系：
- 三方协议，通常涉及毕业生、学校和用人单位三方，是毕业生就业前的一种意向性协议，并不等同于正式的劳动合同。因此，从法律层面讲，它并不构成对毕业生未来职业选择的绝对限制。
- 军队文职的录用，是基于你的学历、年龄、专业、政治面貌及身体条件等核心要素的考核结果。只要你符合军队文职的报考条件，无论是否签订了三方协议，都有资格被录用。
不同情况下的处理建议：
- 未落实工作单位的情况：
- 如果你虽签了三方协议，但最终并未到协议单位就业，且档案等仍保留在学校或人才市场，你仍可被视为高校毕业生。此时，你只需提供相关证明材料，证明自身属于未落实工作单位的高校毕业生身份，即可顺利报考并入职军队文职。
- 已落实工作单位的情况：
- 如果你已根据三方协议到协议单位就业，且档案等关系已转移至该单位，则你不再属于高校毕业生范畴。但军队文职同样设有面向社会人才的岗位，你可以选择报考此类岗位。
- 在录用过程中，你需要确保与原单位解除劳动关系，并妥善办理档案、社保等转移手续。这可能需要你与原单位进行协商，甚至可能需要支付一定的违约金（具体取决于三方协议中的条款）。
协议条款的审查与风险规避：
- 在报考军队文职前，你应仔细审查三方协议的内容，特别是关于违约责任的条款。如果协议中存在与报考军队文职相冲突的违约条款，如“在一定期限内不得从事其他特定职业或工作”等，你可能需要与原单位进行沟通，协商解除协议或修改相关条款。
- 如果无法与原单位达成一致，你可以考虑寻求法律途径解决潜在纠纷。但在此之前，建议你充分评估违约风险及后果，并做好相应的准备。
法律建议：
- 在处理此类问题时，建议你保持冷静和理性，不要因一时冲动而做出可能损害自己利益的决定。
- 如果你对三方协议的内容或军队文职的录用政策有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和指导。
- 在整个过程中，务必保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。
可能后果：
- 如果你未能妥善处理与原单位的关系或违反了三方协议中的条款，可能会面临违约责任和法律纠纷。这可能会影响你的个人信用记录，甚至可能对你的未来职业发展产生不利影响。
- 相反，如果你能够妥善处理这些问题并顺利入职军队文职，那么这将是一个新的职业起点和发展机会。因此，建议你谨慎对待并积极寻求解决方案。