结论：在危害珍贵濒危野生动物罪的案件中，即使被告人退赔并认罪认罚，也不一定能保证不起诉，是否不起诉需根据具体案情、犯罪情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、退赔情况等多方面因素综合判断。

分析说明：

1. 认罪认罚从宽制度：

   • 认罪认罚从宽制度是我国刑事诉讼中的一项重要制度，它鼓励犯罪嫌疑人、被告人自愿认罪并接受处罚，从而在量刑上给予一定的从宽处理。
   • 在危害珍贵濒危野生动物罪的案件中，如果被告人认罪认罚，这通常会被视为一个从宽处理的情节。

2. 退赔的影响：

   • 退赔是指被告人退还非法所得或赔偿因其犯罪行为造成的损失。在野生动物保护案件中，退赔可能包括退还非法猎捕、杀害、收购、运输、出售的野生动物或其制品，以及赔偿因犯罪行为对生态环境造成的损害。
   • 退赔行为能够体现被告人的悔罪态度，减少社会危害，因此在量刑时可能会被考虑为从宽处理的情节。

3. 不起诉的条件：

   • 不起诉是指检察机关对符合条件的案件，决定不向法院提起公诉。在刑事诉讼中，不起诉通常适用于犯罪情节轻微、社会危害不大，或者被告人具有法定从宽处理情节且不需要判处刑罚的案件。
   • 在危害珍贵濒危野生动物罪的案件中，即使被告人认罪认罚并退赔，但如果犯罪情节严重、社会危害大，或者存在其他需要判处刑罚的情形，检察机关仍然可能会决定提起公诉。

4. 综合判断：

   • 是否不起诉并非仅由认罪认罚和退赔行为决定，而是需要综合考虑案件的具体情况、犯罪情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、退赔情况等多方面因素。
   • 检察机关在决定是否不起诉时，会依法进行审查，并听取犯罪嫌疑人、被害人及其法定代理人、辩护人的意见，确保决定的公正性和合法性。

特殊场景：

• 如果被告人是初犯、偶犯，且犯罪情节轻微、社会危害不大，同时认罪认罚并积极退赔，那么检察机关可能会考虑不起诉。
• 如果被告人犯罪情节严重、社会危害大，或者存在多次犯罪、累犯等情形，即使认罪认罚并退赔，检察机关也可能会决定提起公诉。

行动建议：

• 对于被告人：如果涉嫌危害珍贵濒危野生动物罪，应尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，积极配合调查和审判工作，争取从宽处理。
• 对于家属或辩护人：应协助被告人收集证据、准备辩护材料，并在庭审过程中积极为被告人辩护，争取不起诉或减轻处罚。

法律依据：

• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十五条：犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。
• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。