部队查手机是否合法，需分情况讨论：
在执行军事任务或维护军事安全时：
- 部队作为特殊的组织，其首要任务是维护国家安全和军事利益。在执行军事任务、进行军事演习或处于战备状态等特殊情况下，为了确保军事行动的顺利进行和军事秘密的安全，部队有权对所属人员的手机等通讯设备进行检查。这种检查行为是基于军事纪律和军事安全的需要，是合法的。
在非执行军事任务或日常管理中：
- 在非执行军事任务或日常管理情况下，部队对手机的检查需遵循更为严格的法律程序和规定。一般来说，部队不会随意检查士兵的手机，除非有合理的怀疑或证据表明手机中可能存在违反军事纪律、泄露军事秘密或涉及违法犯罪的内容。
- 如果部队在没有合理依据的情况下擅自检查士兵的手机，可能构成对士兵个人隐私权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于隐私权保护的规定，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。因此，在这种情况下，士兵有权依法维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于部队：在执行手机检查时，应确保有合理的依据和合法的程序，避免侵犯士兵的合法权益。同时，应加强对士兵的法律教育，提高他们的法律意识和隐私权保护意识。
- 对于士兵：如果认为部队的检查行为侵犯了自己的合法权益，可以依法向相关部门提出申诉或投诉。在申诉或投诉时，应提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循合法的程序进行。
可能后果：
- 如果部队的检查行为合法且合理，士兵应配合检查，否则可能面临军事纪律的处分。
- 如果部队的检查行为违法或侵犯了士兵的合法权益，士兵有权依法维权，部队也可能因此承担相应的法律责任。
总结：部队查手机是否合法，取决于检查的具体情境和目的。在执行军事任务或维护军事安全时，部队有权进行检查；而在非执行军事任务或日常管理中，则需遵循更为严格的法律程序和规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。