不建议将1万元直接支付给卖家且不计入合同，这种做法存在较大的法律风险和隐患，下面从不同角度为你详细分析：

从合同效力与履行角度

1. 合同完整性受影响：合同是双方权利义务的明确约定，购房款作为合同的核心条款之一，应当完整、准确地记录在合同中。如果将1万元排除在合同之外，会导致合同内容不完整，无法全面反映双方的真实交易情况。一旦后续出现纠纷，比如卖家否认收到这1万元，买方将面临举证困难的问题，难以维护自己的合法权益。
2. 履行风险增加：在合同履行过程中，双方应按照合同约定进行付款和交房等操作。如果部分款项未计入合同，可能会打乱正常的履行流程，引发不必要的争议。例如，卖家可能会以买方未全额支付购房款为由，拒绝交付房屋或办理产权过户手续。

从税务合规角度

1. 可能涉及偷逃税款：在房屋交易中，买卖双方需要按照国家规定缴纳相关税费，税费的计算通常以合同约定的购房款为依据。如果将1万元不计入合同，实际上减少了计税依据，可能涉嫌偷逃税款。一旦被税务机关查处，买卖双方都将面临补缴税款、滞纳金甚至罚款等法律后果。
2. 影响发票开具：正规的房屋交易需要开具发票，发票上的金额应与合同约定的购房款一致。如果部分款项未计入合同，发票开具也会出现问题，这不仅会影响买方的财务报销和资产登记，还可能在后续的房屋转让、抵押等环节造成障碍。

从纠纷解决角度

1. 举证困难：如果在交易过程中出现纠纷，买方需要证明自己已经支付了这1万元。由于没有合同约定和相关凭证，买方很难提供有力的证据来支持自己的主张。而卖家则可以轻易否认收到该款项，导致买方在纠纷解决中处于不利地位。
2. 调解和诉讼难度加大：在调解或诉讼过程中，法院或调解机构会根据合同约定和相关证据来判断双方的权利义务。如果合同中未体现这1万元，调解或诉讼的难度将大大增加，可能会耗费双方大量的时间和精力，甚至导致买方的诉求无法得到支持。

建议做法

1. 将所有款项计入合同：在签订工抵房买卖合同时，应将所有购房款项，包括这1万元，明确写入合同中，并约定清楚付款方式、时间和违约责任等内容。这样可以确保合同的完整性和有效性，保障双方的合法权益。
2. 保留付款凭证：在支付购房款时，无论是通过银行转账还是现金支付，都应保留好相关的付款凭证，如转账记录、收据等。这些凭证将在后续的合同履行和纠纷解决中发挥重要作用。
3. 咨询专业意见：工抵房交易相对复杂，涉及的法律问题较多。在进行交易前，建议你咨询专业的律师或房地产中介机构，了解相关的法律法规和交易流程，确保交易的安全和合法。

如果你在购买工抵房过程中还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。