在交通事故赔偿中，关于医疗费用（包括自费部分）是否应扣除的问题，原则上不应扣除，但具体赔偿情况需根据事故责任、保险条款及医疗费用的合理性等因素综合考虑。以下从不同角度进行详细分析：
一、事故责任与医疗费用赔偿
对方全责：
- 若事故责任明确，且受害者无责任，那么全部合理医疗费用（含自费部分）应由肇事方或其保险公司负责赔偿。此时，受害者无需承担任何自费部分。
责任不清或双方有责：
- 若事故责任不清或双方均有责任，医疗费用的赔偿将依据责任比例进行分担。例如，若双方同等责任，则各自承担50%的医疗费用，包括自费部分。此时，伤者可能需承担一定比例的自付费用。
二、保险赔付范围与自付部分
交强险与商业险：
- 交强险通常会在医疗费用赔偿限额内（如18000元）承担部分费用，这部分费用一般包括自费部分（但需注意，交强险的赔付范围可能因地区和具体条款而有所不同）。
- 商业三者险则根据合同约定对超出交强险限额的合理医疗费用进行赔付。保险合同中若无特别明确、合理且有效的排除自付部分的约定，且保险公司未尽到充分提示和说明义务，则自付部分也应纳入赔偿范围。
保险赔付不足：
- 若保险赔付金额不足以覆盖全部医疗费用，剩余部分需根据事故责任划分由肇事方和伤者共同承担。在此情况下，伤者可能需承担一定比例的自付费用。
三、特殊情况处理
肇事方逃逸或未购买保险：
- 若肇事方逃逸或未购买保险，伤者需自行垫付医疗费用，并可通过法律途径向肇事方追偿。此时，自费部分也需由肇事方承担。
不合理医疗费用：
- 若医疗费用中存在不合理部分，如超出医学常规的治疗项目或过度治疗等，这些部分需由伤者自行承担，无论是否属于自费部分。
司法实践差异：
- 需注意，部分法院可能会基于具体情况对自付部分的赔偿进行处理。例如，若保险合同清晰约定了非医保用药等自付部分不赔，且保险公司能证明其履行了告知义务，法院可能会判决由侵权人自行承担这部分费用。
四、操作建议
及时报警并固定证据：
- 发生交通事故后，应立即报警并保护现场，以便交警部门及时调查并出具事故责任认定书。这是后续索赔的重要依据。
详细记录医疗费用支出情况：
- 伤者应详细记录医疗费用支出情况，包括自付部分，并保留相关票据和凭证。这些票据和凭证是后续索赔的关键证据。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。
通过法律途径维护自身合法权益：
- 若保险赔付不足或存在争议，伤者可通过法律途径（如诉讼或仲裁）维护自身合法权益。在此过程中，自费部分的赔偿问题也将得到明确处理。
综上所述，交通事故赔偿中的医疗费用问题涉及多个方面，需综合考虑事故责任、保险条款及医疗费用的合理性等因素。在处理此类问题时，建议伤者保持冷静、理性应对，并寻求专业法律帮助以确保自身权益得到妥善维护。