结论：若贵公司已出具书面说明放弃工程余款，财务处理上需根据该说明的具体内容及公司内部财务制度进行，但需注意，放弃债权可能涉及公司利益，应谨慎处理，并确保相关决策有合法有效的依据。以下从不同角度为您详细分析：
一、从法律文书效力的角度
书面说明的法律性质：贵公司出具的放弃工程余款的书面说明，在法律上可能被视为一种单方承诺或放弃债权的行为。若该说明内容明确、具体，且无违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗的情形，则该说明具有法律效力，对贵公司产生约束力。
财务处理依据：财务部门在处理此类事务时，应依据该书面说明的内容进行。若说明中明确放弃了工程余款，且该说明已送达对方公司或已产生法律效力，财务部门在账务处理上应反映这一事实，如将相关应收账款核销或调整至相应科目。
二、从公司内部决策流程的角度
决策程序的合法性：放弃工程余款属于公司重大决策事项，应经过公司内部合法有效的决策程序，如董事会决议、股东会决议等。若未经合法程序决策，仅由个别管理人员或部门出具书面说明，可能存在决策程序违法或无效的风险。
财务处理的合规性：财务部门在处理此类事务时，应确保决策程序的合法性。若决策程序存在瑕疵或违法情形，财务部门应拒绝执行或向上级领导报告，以避免公司利益受损。
三、从税务处理的角度
税务影响：放弃工程余款可能涉及税务问题，如是否需要缴纳企业所得税、增值税等。财务部门在处理此类事务时，应咨询专业税务人员或税务机关，了解相关税务政策，确保税务处理的合规性。
税务申报与缴纳：若放弃工程余款涉及税务问题，财务部门应按照税法规定进行税务申报与缴纳，避免因税务问题引发法律风险。
四、建议与注意事项
谨慎处理：放弃工程余款涉及公司利益，应谨慎处理。在出具书面说明前，应充分评估放弃债权的法律后果及对公司的影响，确保决策的科学性与合理性。
完善内部决策程序：确保放弃工程余款的决策经过公司内部合法有效的决策程序，避免决策程序违法或无效的风险。
咨询专业人士：在处理此类事务时，建议咨询专业律师或税务人员，了解相关法律政策及税务规定，确保财务处理的合规性与合法性。
保留相关证据：在出具书面说明及进行财务处理时，应保留相关证据，如书面说明、决策程序文件、税务申报与缴纳凭证等，以备不时之需。
后续思考依据：若贵公司在未来发现放弃工程余款存在不当或违法情形，或对方公司未按照约定履行相关义务，贵公司可依据相关证据及法律规定维护自身权益。因此，保留相关证据至关重要。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。