针对“律师同时违规代理多个案件，是否分别立案查处”的问题，结论如下：

1. 违规代理行为的性质与查处原则
   律师同时违规代理多个案件，通常涉及违反《律师法》及《律师执业管理办法》中关于“利益冲突回避”“忠诚义务”等规定。若违规行为独立存在（如每个案件均存在利益冲突、未履行告知义务等），司法行政机关或律师协会可能对每个案件分别立案查处，因为每个案件的违规事实具有独立性，需单独评价法律责任。
   法律依据：根据《律师法》第四十九条，律师违反规定会见法官、检察官、仲裁员，或向其行贿、介绍贿赂，或指使、诱导当事人行贿的，由设区的市级或直辖市区政府司法行政部门给予停止执业、罚款等处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。虽未直接提及“同时代理多个案件”，但违规代理的本质是违反执业规范，若每个案件均构成独立违规，则可能分别处理。

2. 违规行为的关联性与合并处理的可能性
   若多个案件的违规行为存在关联性（如同一律师因利益冲突同时代理双方当事人，且该冲突影响多个案件的公正性），司法行政机关可能合并立案查处，以全面评价律师的执业过错。此时，处罚的依据是违规行为的整体性质，而非单个案件的独立性。
   示例：律师同时代理原被告双方的两个合同纠纷案件，且未履行利益冲突告知义务，导致案件处理结果显失公平。此时，两个案件的违规行为具有关联性，可能合并立案，对律师作出更严厉的处罚（如吊销执业证）。

3. 处罚的种类与程序
   无论分别立案还是合并立案，处罚种类均包括警告、罚款、停止执业、吊销执业证等。处罚程序需遵循《行政处罚法》及《律师和律师事务所违法行为处罚办法》的规定，包括立案、调查、听证、决定等环节。若律师对处罚不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   特别提示：若违规行为涉嫌犯罪（如伪造证据、串通投标等），司法行政机关会将案件移送公安机关，按刑事程序处理，此时不再适用行政处罚的分别或合并立案原则。

法律建议：

• 若您发现律师存在违规代理行为，可向当地司法局或律师协会投诉，提供具体案件信息及违规证据（如代理合同、庭审记录等），以便相关部门立案调查。
  
• 若您是涉事律师，建议立即停止违规行为，主动向司法行政机关说明情况，配合调查，争取从轻处理。
  

进一步思考：
违规代理行为的查处不仅涉及行政责任，还可能影响律师的民事赔偿责任（如因违规代理导致当事人损失，需承担侵权责任）。因此，在评价律师责任时，需综合行政、民事、刑事法律规范，全面分析法律后果。

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