结论：公司要求只能休一天病假而医生开了两天病假单的情况下，员工有权按照医生开具的病假单休息两天，公司不得擅自缩短病假时间。
法律背景与解释：
病假权利：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，员工在患病或非因工负伤时，有权享受一定期限的医疗期，即病假。病假的具体期限通常根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限来确定，但在此情境下，我们主要关注的是病假单的权威性。
病假单的权威性：医生开具的病假单是员工享受病假的法定凭证。它基于医生的医学判断，考虑了员工的病情和需要休息的时间。因此，病假单上的天数具有法律效力，公司应当予以尊重。
公司的义务：公司作为用人单位，有义务遵守国家法律法规，保障员工的合法权益。在员工提供有效病假单的情况下，公司不得擅自缩短病假时间或拒绝批准病假。
法律建议：
与公司沟通：首先，你可以尝试与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，解释医生开具病假单的原因和必要性，要求公司按照病假单上的天数批准病假。
保留证据：确保你保留好医生开具的病假单以及其他相关医疗证明，以备不时之需。这些证据在后续可能出现的争议中将是关键。
寻求法律援助：如果公司坚持不批准病假或对你进行不当处理，你可以考虑寻求法律援助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
如果公司擅自缩短病假时间或拒绝批准病假，可能构成违法解除劳动合同或未按照劳动合同约定提供劳动条件等违法行为。在这种情况下，你有权要求公司继续履行劳动合同、支付病假工资或经济补偿等。
如果公司因此对你进行不当处理（如降薪、解雇等），你可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。
进一步思考：
在处理此类问题时，除了关注病假单的天数外，还应关注公司的病假管理制度是否合法合规。如果公司的病假管理制度存在违法之处，你也可以据此提出异议。
同时，建议你在今后的工作中注意保留好相关证据和文件，以便在需要时能够及时提供证明。
总之，你有权按照医生开具的病假单休息两天，公司不得擅自缩短病假时间。如果公司对此有异议或不当处理，你可以通过沟通、保留证据或寻求法律援助等方式来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。