借调协议在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性基础

借调协议本质上是一种合同，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，只要借调协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人在平等、自愿的基础上签订，该协议就是合法有效的。

合法性要件

1. 双方意思表示真实：借调协议必须基于双方当事人的真实意愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。

2. 内容合法合规：借调协议的内容必须符合法律、行政法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不得约定违法的工作内容、工作时间、劳动报酬等条款。

3. 形式要件：虽然法律并未明确规定借调协议必须采用书面形式，但为了保障双方权益，避免纠纷，建议采用书面形式签订借调协议。书面协议可以明确双方的权利义务，便于在发生纠纷时作为证据使用。

合法性实践中的注意事项

1. 明确借调期限：借调协议中应明确借调的起止时间，以便双方了解借调的期限，并据此安排工作和生活。

2. 约定劳动报酬和福利待遇：借调期间，员工的劳动报酬和福利待遇应由哪方支付，应在协议中明确约定。这有助于避免在借调期间因劳动报酬和福利待遇问题产生纠纷。

3. 明确工作交接和归还：借调结束后，员工应如何归还借调单位的工作物品、资料等，以及借调单位应如何与原单位进行工作交接，也应在协议中明确约定。

4. 考虑社保和公积金缴纳：借调期间，员工的社保和公积金缴纳问题也需要明确。一般来说，社保和公积金应由原单位继续缴纳，但具体缴纳方式可能因地区和政策而异，因此需要在协议中明确约定。

违法性后果

如果借调协议违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么该协议可能被认定为无效。无效的协议自始没有法律约束力，双方当事人因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

建议：在签订借调协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。