针对您提出的“未办理取水许可，农业用水怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实际案例为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国水法》的相关规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。这一规定同样适用于农业用水，除非符合家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水的除外情形。
对于未办理取水许可证擅自取水的行为，法律有明确的处罚规定。具体来说，根据《中华人民共和国水法》第六十九条，有下列行为之一的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以罚款：
罚款的金额根据违法行为的严重程度和取水量的多少而定，一般处二万元以上十万元以下的罚款；情节严重的，还可能吊销其取水许可证。不过，也需要注意，如果违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，或者初次违法且危害后果轻微并及时改正的，根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，可以不予行政处罚。
以武胜县某家庭农场、合作社等28家企业未办理取水许可证擅自取水案为例，虽然这些企业构成了违法，但县水务局在综合考虑了违法行为的性质、情节以及社会危害程度后，作出了免于处罚的决定，并进行了公告。这体现了法律在执行过程中的灵活性和人性化。
然而，这并不意味着所有未办理取水许可的农业用水行为都可以免于处罚。在另一则公告中，关于严厉打击违规取用水行为的公告明确指出，对未经批准擅自取水或未按许可规定取水的，将责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，还将吊销取水许可证。特别是对于农业灌溉违规取用深层地下水的行为，也有明确的处罚规定。
因此，我建议您，如果您的农业用水行为尚未办理取水许可，应尽快向当地的水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳相应的水资源费。这样不仅可以避免法律风险，也是对您自身用水权益的合法保障。同时，也请您密切关注当地的水资源管理政策，确保您的用水行为符合法律法规的要求。