结论：在交通事故中，若医疗费总共花费5万，对方只支付了4万，您在起诉时索赔1万是正确的，但这只是基于当前描述的一个初步判断，具体还需结合实际情况和证据来综合确定。

分析说明：

1. 索赔金额的合理性：

   • 根据您提供的信息，医疗费总共花费了5万，对方已经支付了4万，那么剩余的1万医疗费理论上应由对方承担（假设对方全责或按责任比例应承担此部分费用）。
   • 因此，您在起诉时索赔这1万医疗费是合理的，也是符合法律规定的。

2. 需要考虑的其他因素：

   • 责任比例：如果交通事故中双方都有责任，那么索赔金额可能需要根据责任比例进行调整。例如，如果对方承担70%的责任，那么您可能只能索赔剩余医疗费的70%，即7000元（假设总医疗费为5万，已支付4万，剩余1万中的70%）。但在此案例中，若您假设对方全责，则无需考虑此点。
   • 证据充分性：在起诉时，您需要提供充分的证据来证明医疗费的实际花费和对方的支付情况。这包括医疗费发票、诊断证明、用药清单等。如果证据不足，可能会影响索赔的成功率。
   • 其他赔偿项目：除了医疗费外，交通事故中还可能涉及其他赔偿项目，如误工费、护理费、营养费等。如果您也希望索赔这些费用，需要在起诉时一并提出，并提供相应的证据。

3. 法律程序建议：

   • 在起诉前，建议您先与对方进行协商，看是否能够达成和解协议，以节省时间和精力。
   • 如果协商无果，您可以向法院提起诉讼。在起诉时，需要准备充分的证据材料，并按照法院的要求填写起诉状等法律文书。
   • 在诉讼过程中，您需要积极配合法院的工作，按时参加庭审等诉讼活动，并如实陈述事实和提供证据。

行动建议：

• 收集证据：尽快收集所有与医疗费相关的证据材料，包括医疗费发票、诊断证明、用药清单等。
• 咨询律师：虽然您已经对索赔金额有了初步的判断，但为了确保索赔的成功率和最大化您的权益，建议您咨询一位专业的交通事故律师。律师可以根据您的具体情况和证据材料，为您提供更详细的法律建议和诉讼策略。
• 准备起诉：如果协商无果且您决定起诉，那么需要准备起诉状等法律文书，并按照法院的要求提交相关证据材料。

特殊场景：

• 如果对方对剩余医疗费的承担有异议（例如认为部分医疗费不合理或与事故无关），那么您需要提供充分的证据来证明这些医疗费的合理性和必要性。否则，法院可能会根据证据情况对索赔金额进行调整。

计算公式（假设对方全责）：

• 索赔金额 = 总医疗费 - 对方已支付金额
• 索赔金额 = 50000元 - 40000元 = 10000元

综上所述，您在起诉时索赔1万医疗费是合理的，但具体还需结合实际情况和证据来综合确定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。