针对你提出的问题，如果对方在交通事故后协商赔付6万元但只赔付了3万元，你可以通过以下方式起诉对方：

一、明确结论

你可以向法院提起民事诉讼，要求对方按照协议支付剩余的3万元赔偿款。

二、具体步骤

1. 收集证据：

   • 交通事故认定书：这是证明事故发生和责任划分的重要证据。
   • 赔偿协议：你们之前达成的6万元赔偿协议，这是要求对方支付剩余款项的依据。
   • 已支付款项的凭证：如银行转账记录、收据等，证明对方已经支付了3万元。
   • 其他相关证据：如医疗费发票、车辆维修费发票等，证明你的实际损失。

2. 撰写起诉状：

   • 原告信息：你的姓名、性别、年龄、民族、住址、联系方式等。
   • 被告信息：对方的姓名、性别、年龄、民族、住址、联系方式等。如果不知道对方的具体信息，可以委托律师进行查询。
   • 诉讼请求：明确要求被告支付剩余的3万元赔偿款。
   • 事实与理由：详细陈述事故发生经过、责任划分、赔偿协议达成及履行情况，以及对方违约不支付剩余款项的事实。

3. 向法院提交起诉状：

   • 将起诉状及相关证据材料提交到事故发生地或者被告住所地的基层人民法院。
   • 法院会进行审查，如果符合立案条件，会受理你的案件并通知你缴纳诉讼费。

4. 参与诉讼过程：

   • 法院会安排开庭时间，你需要按时到庭参加庭审。
   • 在庭审过程中，你需要陈述自己的诉讼请求和事实理由，并提供证据支持。
   • 对方也会进行答辩和举证，你需要针对对方的答辩和证据进行质证和反驳。

5. 等待法院判决：

   • 法院会根据查明的事实和证据，依法作出判决。
   • 如果判决支持你的诉讼请求，对方需要按照判决支付剩余的3万元赔偿款。
   • 如果对方不履行判决，你可以向法院申请强制执行。

三、注意事项

• 在起诉前，尽量与对方进行协商，看是否能够达成和解或者调解。
• 如果协商不成，再考虑通过法律途径解决。
• 在整个诉讼过程中，要保留好所有相关证据，以免丢失或遗漏。
• 如果有任何疑问或需要法律帮助，可以随时向我咨询。