三方劳务派遣协议只有两方签字盖章，一般情况下该协议不生效。以下从不同角度为你详细分析：

从合同生效要件角度分析

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效一般需要满足以下要件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：劳务派遣协议的三方，即劳务派遣单位、用工单位和劳动者，都应当具备相应的民事行为能力。例如，劳务派遣单位和用工单位应当是依法设立的企业法人，劳动者应当年满十六周岁（特殊行业有更高年龄要求除外）且具有相应的劳动能力。
2. 意思表示真实：三方在签订协议时，应当是出于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果其中一方是在被误导或被迫的情况下签字盖章，那么该协议可能因意思表示不真实而无效或可撤销。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：劳务派遣协议的内容应当符合法律法规的规定，例如劳务派遣的岗位应当符合临时性、辅助性或者替代性的要求，劳务派遣单位和用工单位不得通过劳务派遣协议规避法律责任等。如果协议内容违反了这些规定，那么该协议可能无效。
4. 合同具备法律、行政法规规定的合同生效必须具备的形式要件：对于三方劳务派遣协议来说，通常需要三方都签字盖章才能生效。因为三方劳务派遣协议涉及到三方的权利和义务，只有三方都表示认可并签字盖章，才能表明三方都同意协议的内容，协议才能对三方产生约束力。如果只有两方签字盖章，那么从形式上看，该协议并未满足生效的条件，一般不生效。

特殊情况分析

虽然一般情况下三方劳务派遣协议需要三方签字盖章才生效，但也存在一些特殊情况：

1. 事后追认：如果只有两方签字盖章后，未签字盖章的那一方事后以书面形式或其他明确的方式表示同意该协议的内容，那么可以视为对该协议的追认，此时协议可以生效。例如，用工单位和劳动者已经签字盖章，劳务派遣单位事后出具了同意该协议的书面声明，那么该协议可以认定为生效。
2. 部分履行或实际履行：如果三方已经按照协议的部分内容开始履行，且未签字盖章的那一方对此没有提出异议，那么也可以视为该方对协议的认可，协议可能生效。但这种情况存在一定的风险，因为未签字盖章的那一方可能会在后续提出异议，导致协议的效力存在争议。

法律后果分析

如果三方劳务派遣协议只有两方签字盖章且不存在上述特殊情况，那么该协议一般不生效。此时可能会产生以下法律后果：

1. 三方之间的权利义务关系不明确：由于协议未生效，三方之间的权利义务关系无法依据该协议来确定，可能会导致三方在劳务派遣过程中产生纠纷，例如劳动者的工资待遇、工作时间、社会保险等问题可能无法得到明确的规定和解决。
2. 可能承担违约责任的风险较低：因为协议未生效，三方一般不需要承担违约责任。但如果一方在协议签订过程中存在过错，例如故意隐瞒重要信息、提供虚假情况等，导致另一方遭受损失的，过错方可能需要承担赔偿责任。

建议：为了避免不必要的纠纷和风险，在签订三方劳务派遣协议时，应当确保三方都签字盖章，使协议生效。如果遇到只有两方签字盖章的情况，应当及时与未签字盖章的那一方沟通，促使其尽快签字盖章，或者通过其他方式明确其对该协议的认可。如果你在劳务派遣协议方面还有其他问题，可以直接向我咨询。