结论：在合同中既约定保证期限两年，同时又约定“还清本息为止”的情况下，保证期间的认定需结合具体法律规定和合同条款综合判断。一般来说，若“还清本息为止”的约定被视为约定不明，则保证期间为主债务履行期届满之日起六个月（若未约定主债务履行期限或约定不明，则从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算）；若该约定被明确为具体期限且与两年不一致，则可能需根据双方真实意思表示及公平原则进行判定，但通常以书面明确约定的期限为准，不过需注意不得违反法律强制性规定。以下为详细分析：

一、法律规定基础

根据《中华人民共和国民法典》中关于保证合同的相关规定，保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。债权人与保证人可以约定保证期间，但是约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定；没有约定或者约定不明确的，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。若债权人与债务人对主债务履行期限没有约定或者约定不明确的，保证期间自债权人请求债务人履行债务的宽限期届满之日起计算。

二、对“还清本息为止”约定的分析

1. 约定不明的情况：

   • 若“还清本息为止”的表述被视为对保证期间约定不明确，因为该表述没有给出一个具体的、可确定的期限，而是依赖于债务的实际清偿情况。在这种情况下，根据法律规定，保证期间应为主债务履行期届满之日起六个月。

2. 约定明确但与两年不一致的情况：

   • 若合同中同时存在“保证期限两年”和“还清本息为止”两个条款，且两者在期限上存在冲突，这可能构成合同条款的歧义。在这种情况下，需要探究双方的真实意思表示，并可能需要根据公平原则、交易习惯以及合同的其他条款来综合判断。
   • 通常处理原则：如果“还清本息为止”被明确解释为一个具体的、但长于两年的期限，且该解释符合双方的真实意思表示和交易习惯，那么可能会以该具体期限为准。然而，这种解释需要严格的证据支持，且不得违反法律的强制性规定。
   • 更常见的处理：在存在明确书面约定（如“保证期限两年”）与模糊表述（如“还清本息为止”）并存的情况下，法院或仲裁机构更可能倾向于采纳明确、具体的书面约定，尤其是当该约定不违反法律强制性规定时。

三、实际操作建议

1. 明确约定保证期间：

   • 为避免争议，债权人和保证人在签订合同时应明确约定保证期间的具体期限，避免使用模糊、不确定的表述。

2. 审查合同条款：

   • 在签订合同前，双方应仔细审查合同条款，确保所有条款都是明确、具体且可执行的。对于存在歧义或不确定性的条款，应及时进行修改或补充。

3. 寻求法律帮助：

   • 若对合同条款的解释或适用存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。

在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此，在处理类似问题时，应综合考虑各种因素，并寻求专业法律意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。