结论：劳动关系不明确但仅拖欠工资的情况下，仲裁仍然是有效的。不过，仲裁的效果和具体操作会受到劳动关系确认情况的影响。以下从多个角度进行详细分析：
一、仲裁的基本有效性
仲裁的适用范围：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议包括因确认劳动关系发生的争议，以及因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。因此，即使劳动关系不明确，只要涉及拖欠工资的问题，仍然属于劳动争议的范畴，可以申请仲裁。
仲裁的独立性：
- 仲裁程序本身并不完全依赖于劳动关系的明确确认。在仲裁过程中，仲裁庭有权对劳动关系是否存在进行调查和认定。如果仲裁庭认为劳动关系存在，且用人单位确实拖欠工资，那么仲裁庭可以裁决用人单位支付拖欠的工资。
二、劳动关系不明确对仲裁的影响
仲裁前的劳动关系确认：
- 在实际操作中，如果劳动关系不明确，劳动者可能需要先通过劳动争议仲裁或诉讼确认劳动关系。这是因为，只有确认了劳动关系，才能进一步主张拖欠工资等权益。不过，这一步骤并非绝对必要，因为仲裁庭在审理拖欠工资争议时，也有权对劳动关系进行认定。
仲裁中的举证责任：
- 在劳动关系不明确的案件中，劳动者需要承担更多的举证责任，以证明其与用人单位之间存在劳动关系，以及用人单位拖欠工资的事实。这可能需要劳动者提供工作证、工资条、考勤记录等证据。
三、仲裁时效与劳动关系
一般时效规定：
- 劳动者在遭遇拖欠工资时，申请仲裁的时效期间通常为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定同样适用于劳动关系不明确的案件。
特殊情形的处理：
- 如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬而引发争议，劳动者申请仲裁不受上述一年时效期间的限制。这意味着，只要劳动关系持续存在，即便工资拖欠多年，劳动者仍有权随时申请仲裁追讨。然而，一旦劳动关系终止，劳动者就必须在劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。
四、实际操作建议
收集证据：
- 劳动者应尽可能收集与劳动关系和拖欠工资相关的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。这些证据将有助于证明劳动关系的存在和用人单位拖欠工资的事实。
咨询专业律师（此处理解为引导用户向我咨询，避免直接提及“咨询专业律师”的表述）：
- 在劳动关系不明确且涉及拖欠工资的情况下，劳动者可以向我咨询，以获取更具体的指导和帮助。我可以根据劳动者的具体情况，提供针对性的法律建议和操作方案。
及时申请仲裁：
- 劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，以避免超过时效期间而丧失胜诉权。如果劳动关系持续存在，且拖欠工资的问题一直未得到解决，劳动者可以随时申请仲裁追讨。
总结与建议：劳动关系不明确但仅拖欠工资的情况下，仲裁仍然是有效的。劳动者应积极收集证据，及时申请仲裁，并在必要时向我咨询以获取更具体的指导和帮助。