不定时工作制下，员工在法定节假日工作的，用人单位仍需支付法定节假日加班费。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
这一规定并未对实行何种工时制的员工进行区分，因此，无论员工实行的是标准工时制、综合计算工时制还是不定时工作制，只要在法定节假日工作，用人单位都应支付加班费。
不定时工作制的特点
不定时工作制是一种因工作性质和工作职责的限制，劳动者的工作时间不能受固定时数限制的工时制度。它主要适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等因工作性质特殊，需机动作业的职工。在不定时工作制下，员工的工作时间较为灵活，不受固定工作时间的限制，但这并不意味着用人单位可以免除支付法定节假日加班费的义务。
实际操作建议
明确工时制度：用人单位在与员工签订劳动合同时，应明确约定工时制度，并告知员工不定时工作制的特点和加班费的支付规定。
记录工作时间：虽然不定时工作制下员工的工作时间较为灵活，但用人单位仍应做好员工工作时间的记录工作，以便在需要时证明员工是否在法定节假日工作。
支付加班费：一旦确认员工在法定节假日工作，用人单位应按照法律规定支付加班费，即不低于工资的百分之三百的工资报酬。
法律后果
如果用人单位未按照法律规定支付法定节假日加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的经济补偿。同时，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚。
总结来说，不定时工作制下，员工在法定节假日工作的，用人单位仍需支付法定节假日加班费。这是法律对劳动者权益的保护，也是用人单位应尽的义务。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。