结论：在立案后先行调解达成调解协议，原告申请撤诉但不缴纳诉讼费的情况下，是否可按自动撤诉处理，需结合具体情况及法院的操作惯例来判断，但通常若原告未在规定期限内缴纳诉讼费，法院会按自动撤诉处理。
分析说明：
诉讼费缴纳与撤诉的关系：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，原告在提起诉讼时需要预交诉讼费。若原告在立案后申请撤诉，且法院裁定准许撤诉，那么诉讼费通常由原告负担，但部分情况下（如调解结案）可能会有所减免或调整。
- 若原告未在规定期限内缴纳诉讼费，且未提出缓交、减交或免交申请，或者申请未获法院批准，法院将按原告自动撤诉处理。
先行调解达成调解协议后的撤诉：
- 在立案后先行调解并达成调解协议的情况下，原告申请撤诉是其权利。但撤诉的同时，原告仍需按照法院的规定缴纳或处理诉讼费。
- 若原告仅申请撤诉而不缴纳诉讼费，这并不直接构成撤诉的合法理由。法院在处理此类情况时，会依据诉讼费缴纳的相关规定来决定是否按自动撤诉处理。
法院的操作惯例：
- 在实际操作中，不同法院对于撤诉和诉讼费缴纳的处理可能存在细微差异。但普遍原则是，若原告未在规定期限内缴纳诉讼费，且未获得法院的特殊批准，法院将按自动撤诉处理。
- 因此，在先行调解达成调解协议后，原告申请撤诉但不缴纳诉讼费，法院很可能会依据这一原则按自动撤诉处理。
法律建议：
- 及时缴纳诉讼费：原告在申请撤诉时，应确保已按照法院的规定缴纳或处理了诉讼费，以避免因未缴费而被按自动撤诉处理。
- 与法院沟通：若原告因特殊原因无法及时缴纳诉讼费，应及时与法院沟通并说明情况，申请缓交、减交或免交诉讼费。
- 了解法院规定：不同法院对于撤诉和诉讼费缴纳的规定可能有所不同，原告在提起诉讼前应了解并遵守当地法院的相关规定。
可能后果：
- 若原告未在规定期限内缴纳诉讼费且未获得法院的特殊批准，法院将按自动撤诉处理。这意味着原告的诉讼请求将被视为未提出，且可能需要承担因此产生的法律后果（如诉讼时效问题等）。
- 若原告已与对方达成调解协议但因未缴费而被按自动撤诉处理，调解协议的效力可能会受到影响。双方可能需要重新协商或通过其他途径解决争议。
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