结论：客运公司与客车经营者之间的合同如果不给经营者某些权益或条款，是否合法，这取决于合同的具体内容、双方约定以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同内容合法性：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，其内容应当合法、合规。如果合同中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，或者损害了社会公共利益，那么这些条款是无效的。
   • 在客运公司与客车经营者的合同中，如果合同没有给予经营者应得的权益，比如合理的报酬、必要的运营支持等，且这种不给予没有合法依据，那么这种合同内容可能是不合法的。

2. 双方约定：

   • 合同的内容应当基于双方的平等协商和自愿约定。如果客运公司在合同中单方面剥夺了经营者的某些权益，而没有得到经营者的同意，那么这种约定可能是无效的。
   • 例如，如果合同中规定了经营者必须承担不合理的费用或责任，而没有给予相应的补偿或权益，那么这种条款可能因显失公平而被认定为无效。

3. 相关法律法规：

   • 客运行业通常受到严格的法律法规监管，包括运输安全、服务质量、价格控制等方面。如果客运公司与客车经营者的合同违反了这些法律法规的规定，那么合同或相关条款可能是不合法的。
   • 例如，如果合同中规定了低于法定标准的报酬或违反了运输安全的规定，那么这些条款将受到法律的制裁。

4. 可能的法律后果：

   • 如果客运公司与客车经营者的合同存在不合法或无效的条款，经营者有权要求修改合同或解除合同，并可能要求客运公司承担违约责任或赔偿损失。
   • 在极端情况下，如果合同内容严重违法或损害社会公共利益，相关部门可能会介入调查并采取相应的法律措施。

建议：

• 对于客运公司和客车经营者来说，签订合同时应当确保合同内容合法、合规，并充分考虑到双方的权益和义务。
• 如果经营者对合同中的某些条款存在疑问或不满，应当及时与客运公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 如果双方无法达成一致意见，或者认为合同存在不合法或无效的条款，可以寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的合法权益。

如果您有具体的合同内容或相关情况需要进一步分析，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。