结论：公司章程不能直接规定大股东指定董事长，但可以通过规定董事长的选举程序，间接影响董事长的产生。
详细分析：
公司治理结构与法律规定：
- 在公司治理结构中，董事长的产生是一个严谨且遵循法定程序的过程。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，选举和更换非由职工代表担任的董事是股东会的职权，但并未赋予股东（包括大股东）直接指派董事长的权力。
- 对于有限责任公司，董事长的产生办法通常由公司章程具体规定，但一般也是通过股东会选举董事组成董事会，再由董事会推选董事长。对于股份有限公司，董事长则由董事会以全体董事的过半数选举产生。
公司章程的作用与限制：
- 公司章程是公司治理的重要文件，它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等重要事项。然而，公司章程的制定和修改必须遵循法律法规的规定，不能违反法律的强制性规定。
- 在董事长的产生问题上，公司章程可以规定选举程序、推选方式等，但不能直接规定由大股东指定董事长。这样的规定将违反公司治理的民主原则和法治精神，也可能导致公司治理结构的混乱和不稳定。
大股东的影响力与限制：
- 大股东作为公司的重要投资者，对公司治理具有重要影响力。然而，这种影响力必须通过合法合规的途径来行使，不能违反法律法规和公司章程的规定。
- 大股东可以通过股东会来影响董事的选举，进而间接影响董事长的产生。但是，这种影响必须建立在民主、公正、透明的选举程序之上，不能通过不正当手段来操纵选举结果。
实际操作中的建议：
- 如果大股东希望在公司治理中发挥更大作用，可以通过合法途径增加自己在股东会中的表决权，或者通过与其他股东的合作来共同推动公司治理的改善。
- 在制定或修改公司章程时，应充分考虑公司治理的民主原则和法治精神，确保公司章程的规定既符合法律法规的要求，又能体现公司治理的公正性和透明度。
法律后果提示：
如果公司章程中直接规定由大股东指定董事长，这样的规定可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。此外，这样的规定也可能导致公司治理结构的混乱和不稳定，影响公司的正常运营和发展。因此，在制定或修改公司章程时，应谨慎对待董事长的产生问题，确保符合法律法规和公司治理的原则。
总结与建议：
公司章程不能直接规定大股东指定董事长，但可以通过规定董事长的选举程序来间接影响董事长的产生。在制定或修改公司章程时，应充分考虑公司治理的民主原则和法治精神，确保公司章程的规定既合法又合规。如果大股东希望在公司治理中发挥更大作用，应通过合法途径来行使自己的权利，推动公司治理的改善和发展。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。