门店没办证经营了五年，确实是违法的。以下从几个角度为你详细分析：

1. 违法性的认定：

   • 根据我国相关法律法规，经营门店需要办理相应的营业执照和其他相关许可证。未办理这些证件而擅自经营，属于无证经营行为，是违法的。
   • 无论经营时间长短，只要未取得合法经营证件，就构成违法。因此，门店没办证经营了五年，这一行为自始至终都是违法的。

2. 可能的法律后果：

   • 行政处罚：相关部门有权对无证经营的门店进行查处，包括责令停止经营、没收违法所得、罚款等行政处罚。罚款的数额可能根据违法情节的严重程度、经营规模等因素来确定。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果无证经营行为涉及严重违法犯罪，如生产销售伪劣产品、非法经营等，还可能构成刑事犯罪，需要承担刑事责任。不过，这种情况相对较少，且需要具体案件具体分析。

3. 对经营者的建议：

   • 立即补办证件：如果门店确实需要继续经营，应尽快向相关部门申请办理营业执照和其他相关许可证，确保合法经营。
   • 配合调查处理：如果已经被相关部门查处，应积极配合调查处理，如实说明情况，接受相应的行政处罚，并尽快整改。
   • 咨询专业律师：在处理此类法律问题时，建议咨询专业律师，了解具体的法律责任和应对策略，以更好地维护自身权益。

4. 特殊情况说明：

   • 如果门店在经营过程中，由于某些特殊原因（如政策调整、历史遗留问题等）导致未能及时办理证件，且能够提供相关证据证明其并非故意违法，那么在处理时可能会考虑从轻或减轻处罚。但这并不意味着无证经营行为本身是合法的，只是可能在处罚上有所宽宥。

总结来说，门店没办证经营了五年是违法的，可能面临行政处罚甚至刑事责任。作为经营者，应尽快补办证件，确保合法经营，并在遇到法律问题时及时咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。