结论：同事吃空饷3年，公司是有权依据相关规定开除该员工的，但具体是否开除以及开除的程序和后果，需结合实际情况和公司规章制度来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
劳动合同解除的法定情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，或者严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。吃空饷行为，若被认定为严重违反公司规章制度或给公司造成重大损害，公司有权解除劳动合同。
吃空饷的法律性质：
- 吃空饷通常指的是员工在未实际提供劳动的情况下，仍然领取工资或福利的行为。这种行为可能构成欺诈或贪污，具体取决于公司的规章制度和实际情况。如果公司规章制度中明确禁止此类行为，并规定了相应的处罚措施，那么公司有权依据规章制度进行处罚，包括解除劳动合同。
二、公司规章制度角度
规章制度的制定与公示：
- 公司应制定明确的规章制度，规定员工的行为准则和处罚措施。规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保员工知晓并遵守。
吃空饷的处理规定：
- 如果公司规章制度中明确规定了吃空饷的处理措施，如警告、罚款、解除劳动合同等，那么公司应依据规章制度进行处理。在处理时，应确保程序合法，如给予员工申辩的机会，听取员工的意见等。
三、实际操作角度
调查与取证：
- 在决定开除吃空饷的员工前，公司应进行充分的调查和取证，确保吃空饷的事实清楚、证据确凿。这有助于避免因证据不足而引发的法律纠纷。
解除劳动合同的程序：
- 如果公司决定解除劳动合同，应按照法定程序进行，如提前通知员工、支付经济补偿（如适用）、办理离职手续等。同时，应确保解除劳动合同的决定合法有效，避免因程序违法而引发的法律风险。
后续处理与防范：
- 在解除劳动合同后，公司应妥善处理与员工的后续事宜，如工资结算、社保转移等。同时，应加强内部管理，完善规章制度，防范类似事件的再次发生。
四、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果公司未经充分调查或未按照法定程序解除劳动合同，可能面临法律纠纷和赔偿责任。例如，员工可能提起劳动仲裁或诉讼，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
风险防范：
- 为防范法律风险，公司应加强内部管理，完善规章制度和流程。在处理吃空饷等违纪行为时，应确保程序合法、证据确凿，并咨询专业律师的意见，以确保处理决定的合法性和有效性。
建议：针对同事吃空饷的情况，公司应首先进行调查和取证，确认吃空饷的事实和证据。然后，依据公司规章制度和法律规定，决定是否解除劳动合同以及解除的程序和后果。在处理过程中，应确保程序合法、证据确凿，并咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。