在夫妻离婚案件中，法院能否查扣保管箱的钱款需分情况讨论：

1. 若保管箱为夫妻共同财产
   根据《民法典》第1062条，婚姻关系存续期间所得的财产（如工资、投资收益等）原则上属于夫妻共同财产。若保管箱内的钱款属于此类财产，离婚时双方均有权主张分割。

   • 查扣程序：若一方隐匿或转移共同财产，另一方可向法院申请财产保全（需提供初步证据证明财产存在及被隐匿的可能）。法院经审查后，可裁定查封、扣押或冻结相关财产，包括保管箱内的钱款。
     
   • 例外情形：若钱款属于一方个人财产（如婚前存款、明确赠与一方的财产等），则法院不会将其纳入共同财产分割范围，但需提供充分证据证明其个人属性。

2. 若保管箱为个人财产
   若保管箱内的钱款属于一方个人财产（如婚前财产、遗嘱或赠与合同中明确只归一方的财产等），离婚时另一方无权要求分割。

   • 查扣限制：法院不会因离婚纠纷主动查扣个人财产，除非涉及恶意转移财产等违法行为（如通过虚假交易将个人财产转化为共同财产）。此时，另一方可申请法院调查取证，但需承担举证责任。

3. 实务操作中的关键点

   • 证据收集：申请查扣的一方需提供保管箱的存在、钱款来源及归属的初步证据（如银行流水、合同、证人证言等）。
     
   • 法院审查：法院会综合双方证据、财产来源及婚姻期间的经济状况等因素，判断钱款是否属于共同财产及是否需要查扣。
     
   • 执行风险：若查扣后发现钱款属于个人财产，法院会解除查扣措施，并可能要求申请方承担因查扣给对方造成的损失。

建议：若您涉及此类纠纷，建议先梳理保管箱内钱款的来源及归属证据，再根据具体情况决定是否申请财产保全。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范。