在红绿灯口非机动车超过停止线等待红灯时，若直行机动车发生追尾，责任划分需根据具体情况来确定，但一般来说，若非机动车并未违规且机动车未保持安全距离，机动车通常需承担主要或全部责任。以下是对此问题的详细分析：
一、责任划分原则
在交通事故中，责任的划分主要依据双方当事人的行为是否违反交通法规，以及这些行为对事故发生所起的作用和过错程度。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车之间发生交通事故，由有过错的一方承担赔偿责任；双方都有过错的，按照各自过错的比例分担责任。
二、具体情形分析
非机动车无过错，机动车未保持安全距离
- 若非机动车在红绿灯口等待红灯时，虽然稍微超过了停止线，但并未继续行驶或做出其他违规行为，且机动车因未保持足够的安全距离而追尾，那么机动车通常需承担主要或全部责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车在行驶过程中应与前车保持足以采取紧急制动措施的安全距离。若因未保持安全距离而导致追尾事故，机动车驾驶员需承担相应责任。
非机动车存在一定过错，但机动车未保持安全距离仍是主要原因
- 若非机动车在等待红灯时，虽然超过了停止线，但并未对机动车的行驶造成明显干扰，且机动车因未保持安全距离而追尾，那么机动车仍需承担主要责任，但非机动车可能因越线停车而承担一定次要责任。不过，在大多数情况下，若非机动车的越线行为并未对事故发生起到决定性作用，机动车仍需承担主要责任。
- 特殊情况：如果非机动车的越线行为明显干扰了机动车的正常行驶，如突然变道、急停等，且这些行为与追尾事故有直接因果关系，那么非机动车也可能需承担一定责任。但这种情况相对较少，且需具体分析。
机动车存在其他违规行为
- 若机动车在追尾事故中还存在其他违规行为，如超速、酒驾、疲劳驾驶等，那么这些行为将加重机动车驾驶员的责任。在这种情况下，机动车驾驶员可能需承担全部责任。
三、处理流程与建议
- 立即停车并保护现场：发生事故后，双方应立即停车，确保现场安全，避免二次事故。
- 报警并等待交警处理：及时报警，交警将到场进行事故调查，并根据调查结果划分责任。在等待交警的过程中，双方可以拍摄现场照片、交换联系方式等，以便后续处理。
- 协商处理或依法理赔：根据责任划分结果，双方可协商处理损害赔偿事宜。若协商不成，可依据保险条款向保险公司申请理赔，或通过法律途径解决纠纷。
四、预防与建议
- 非机动车驾驶员：在等待红灯时，应尽量停在停止线以内，避免越线停车。若因特殊情况需要稍微超过停止线，应确保不会对机动车的行驶造成干扰，并及时观察后方路况。
- 机动车驾驶员：在行驶过程中应保持足够的安全距离，注意观察前方路况和非机动车的动态。在接近红绿灯口时，应提前减速慢行，避免追尾事故的发生。
综上所述，红绿灯口非机动车超过停止线等待红灯时直行机动车发生追尾的责任划分需综合考虑双方当事人的行为和过错程度。在行车过程中，双方驾驶员都应严格遵守交通法规，确保行车安全。若遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。