核心结论：在已有书面劳动合同、社保缴纳记录和纳税工作单，但无法提交实际用工证据的情况下，可通过以下方式处理：
明确实际用工证据的范畴与替代性证明
实际用工证据通常指能直接证明劳动者与用人单位存在事实劳动关系的材料，如考勤记录、工资支付凭证、工作证、工作邮件、微信聊天记录、同事证言等。若无法提供传统意义上的“直接证据”，可尝试通过以下替代性材料证明劳动关系：
- 劳动合同的补充作用：书面劳动合同本身是证明劳动关系最直接的证据，但若用人单位主张合同未实际履行（如未安排工作、未支付工资），需结合其他证据反驳。
- 社保与纳税记录的强化证明：社保缴纳记录和纳税工作单是法定强制义务的履行证明，能间接反映用人单位对劳动者的管理关系。例如，社保缴费基数、纳税申报的工资数额可与劳动合同约定的薪资相互印证。
- 其他间接证据的收集：如工作服、门禁卡、工作群聊天记录、客户沟通记录、培训记录等，均可作为辅助证据证明劳动者实际接受了用人单位的管理并从事了劳动。
法律程序中的举证责任分配与应对策略
- 劳动仲裁阶段：根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议时，用人单位对“已履行劳动合同义务”负举证责任。若劳动者已提供劳动合同、社保和纳税记录，用人单位若否认实际用工，需证明劳动者未提供劳动（如未安排工作、未支付工资等）。此时，劳动者可主张用人单位承担举证不能的不利后果。
- 诉讼阶段：若案件进入法院，法院会综合全案证据判断劳动关系是否存在。即使缺乏直接用工证据，若社保、纳税记录与劳动合同内容一致，且用人单位无法合理解释其履行社保和纳税义务的原因（如“代缴社保”需提供合法代缴协议），法院仍可能认定劳动关系成立。
- 关键点：劳动者需确保社保和纳税记录中的用人单位名称与劳动合同一致；若不一致，需解释原因（如关联公司代缴）并提供相应证据。
特殊情形下的处理建议
- 用人单位否认劳动关系：若用人单位主张劳动合同未实际履行（如“挂靠社保”），劳动者可要求用人单位提供反证（如工资支付记录、考勤记录等）。若用人单位无法提供，结合社保和纳税记录，可推定劳动关系存在。
- 证据不足时的补救措施：若确实无法提供任何实际用工证据，可尝试通过申请法院调查取证（如调取用人单位的考勤系统数据、财务记录等）或申请证人出庭（如同事、客户等）补充证据。
- 行政投诉的辅助作用：向劳动监察部门投诉用人单位未提供劳动条件或未支付工资，监察部门调查过程中可能获取相关证据，间接支持劳动者的主张。
总结建议：
当前情况下，您已具备证明劳动关系的关键证据（劳动合同、社保、纳税记录），实际用工证据的缺失并非绝对障碍。建议优先整理现有证据的关联性（如社保缴费基数与合同薪资是否一致），并尝试补充间接证据（如工作沟通记录）。若用人单位否认劳动关系，可依据举证责任规则要求其提供反证。如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。