结论：公司委托另一家公司运营时，通常应与目标公司签订委托管理协议，而非直接与股东签订。不过，也存在一些特殊情况或考虑因素可能影响这一选择，下面我将从多个角度详细分析。

一、常规操作：与公司签订委托管理协议

1. 法律主体明确：

   • 公司是独立的法律主体，具有签订合同、承担民事责任的能力。因此，当公司A委托公司B进行运营管理时，直接与公司B签订委托管理协议，可以确保合同双方的法律地位清晰，避免后续因主体不明确而产生的法律纠纷。

2. 合同效力直接：

   • 与公司签订的委托管理协议，其效力直接及于公司本身。这意味着，协议中的权利、义务和责任均由公司承担，与股东个人无关。这有助于保护公司A的权益，确保委托管理的顺利进行。

3. 便于管理执行：

   • 公司作为运营管理的接受方，拥有完善的组织结构和运营体系。与公司签订协议，可以更方便地协调和管理运营过程中的各项事务，提高运营效率。

二、特殊情况：与股东签订协议的考虑

虽然与公司签订委托管理协议是常规操作，但在某些特殊情况下，也可能考虑与股东签订协议。不过，这种情况相对较少，且需要谨慎处理。

1. 股东个人担保或承诺：

   • 如果股东个人愿意为公司的运营管理提供担保或承诺，且这种担保或承诺对公司A来说具有重要价值，那么可以考虑与股东签订补充协议或担保协议。但即便如此，主要的委托管理协议仍应与公司签订。

2. 股东控制公司运营：

   • 在某些情况下，股东可能实际控制公司的运营和管理。如果公司A认为与股东直接签订协议能更有效地确保运营管理的质量和效果，且这种安排不违反法律法规和公司章程的规定，那么可以考虑与股东签订协议。但这种情况下，需要特别注意合同条款的设定，以避免潜在的法律风险。

三、法律建议与风险提示

1. 优先选择与公司签订：

   • 在大多数情况下，建议公司A优先选择与公司B签订委托管理协议。这有助于确保合同的法律效力和执行效率，降低法律风险。

2. 谨慎处理与股东签订的情况：

   • 如果确实需要与股东签订协议，应谨慎处理合同条款的设定和履行过程中的风险控制。建议咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。

3. 关注公司章程和法律法规：

   • 在签订委托管理协议时，应关注公司章程和法律法规的规定。确保协议内容不违反相关法律法规和公司章程的规定，以避免潜在的法律纠纷。

4. 明确合同条款：

   • 无论选择与公司还是股东签订协议，都应明确合同条款，包括委托管理的范围、期限、费用、违约责任等。这有助于确保双方的权利和义务得到明确界定，降低合同履行过程中的风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。