核心结论：在药房药品经营许可证存续期间，若房屋租赁合同面积缩小，需根据具体情况采取不同措施，主要包括及时办理许可证变更登记、与出租方协商解决合同问题、确保经营场所符合法定要求等。以下是具体分析：

1. 及时办理药品经营许可证变更登记
   根据《药品经营许可证管理办法》第十三条，药品经营企业变更《药品经营许可证》登记事项（如经营场所面积）的，应当在工商行政管理部门核准变更后30日内，向原发证机关申请变更登记。若房屋合同面积缩小导致实际经营面积不符合许可证登记要求，必须依法办理变更手续，否则可能面临行政处罚（如警告、罚款甚至吊销许可证）。
   操作建议：立即核对许可证登记的经营面积与实际面积，若存在差异，需准备新租赁合同、面积测绘报告等材料，向当地药品监督管理部门提交变更申请。

2. 与出租方协商解决合同问题
   房屋合同面积缩小可能涉及合同违约或条款调整。需审查原租赁合同中关于面积、租金、违约责任的约定：

   • 若面积缩小系出租方违约（如擅自分割房屋），可依据《民法典》第五百七十七条要求出租方承担违约责任（如赔偿损失、恢复原状）；
     
   • 若双方协商一致缩小面积，应签订补充协议明确新面积、租金调整等条款，并确保补充协议内容不违反法律法规（如消防、环保等要求）。
     操作建议：优先通过书面协商固定证据，必要时可委托律师介入谈判或提起诉讼。

3. 确保经营场所符合法定要求
   药品经营场所的面积需满足《药品经营质量管理规范》（GSP）的最低标准（如零售药店营业场所面积不少于40平方米）。若面积缩小后不达标，需采取以下措施：

   • 调整经营布局（如缩减非核心区域面积）；
     
   • 与出租方协商扩大面积或更换场地；
     
   • 若无法解决，需暂停相关经营活动直至符合要求，避免因“人货混居”“仓储不足”等问题被监管部门查处。
     操作建议：联系当地药品监管部门确认具体面积要求，必要时委托专业机构进行场地合规性评估。

4. 风险提示与预防措施

   • 行政风险：未及时变更许可证或经营场所不合规，可能被处以1万-3万元罚款（《药品管理法》第一百二十六条）；
     
   • 合同风险：若因面积问题导致合同解除，需提前规划药品转移、客户通知等事宜，减少损失；
     
   • 预防措施：在签订租赁合同时明确约定“面积误差处理方式”（如允许±5%误差），并约定因政府规划、拆迁等导致面积变化的解决方案。

总结：房屋合同面积缩小可能引发许可证变更、合同纠纷、合规性三方面问题，需从法律程序、合同履行、实际经营三维度同步处理。建议优先办理许可证变更，同步与出租方协商合同条款，并确保经营场所持续符合GSP要求。如有复杂情况（如涉及拆迁、出租方拒不配合），可进一步提供细节，我将协助制定具体方案。