船能否要回来取决于违法情节的严重性及执法机关的处理程序，但通过合法程序一般可以取回船舶。具体分析如下：

1. 违法情节较轻的情况
   若船舶违法捕鱼行为未构成刑事犯罪（如未达到非法捕捞水产品罪的立案标准），通常由农业农村部门或海事管理机构依据《渔业法》《内河交通安全管理条例》等法规进行行政处罚。此时船舶可能被暂扣作为行政强制措施，但只要船主接受处罚（如缴纳罚款、没收渔具等），并完成整改程序，船舶通常会被返还。

2. 违法情节严重的情况
   若行为涉嫌刑事犯罪（如使用禁用工具、在禁渔区/期捕捞且情节严重），船舶可能被公安机关作为犯罪工具依法扣押。此时需通过刑事诉讼程序处理：

   • 若法院最终判决不没收船舶（如船主非直接责任人或船舶非专门用于犯罪），船舶会返还；
     
   • 若判决没收，则船舶将被依法处置，无法取回。
     关键点：船主需及时委托律师介入，通过辩护争取减轻处罚或避免船舶被没收。

3. 程序合法性审查
   无论行政或刑事扣押，执法机关均需出具书面扣押决定书，并告知救济途径。若船主认为扣押程序违法（如超期扣押、未依法通知等），可通过行政复议或行政诉讼主张权利，要求解除扣押并返还船舶。

建议行动步骤：

1. 立即向扣押机关索要《扣押决定书》，明确扣押依据和期限；
   
2. 核实自身行为是否涉及刑事犯罪，必要时委托律师评估风险；
   
3. 配合调查并主动整改（如停止违法作业、补办证件等）；
   
4. 若对扣押有异议，在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
   

如有进一步细节（如扣押机关、具体违法行为等），可向我补充说明，我会为您分析具体应对方案。