针对您提出的“内河一艘船舶多项违法行为怎样处罚”的问题，我将结合相关法规和政策为您详细解答。
首先，需要明确的是，当内河船舶存在多项违法行为时，海事管理机构会依据《内河交通安全管理条例》以及《中华人民共和国内河海事行政处罚规定》等相关法规进行处罚。这些法规为海事管理机构提供了明确的处罚依据和程序。
处罚程序：
立案责任：海事管理机构在发现或接到举报船舶存在违法行为时，会及时进行审查，并决定是否立案。
调查责任：对于立案的案件，海事管理机构会指定专人负责调查，取证，并确保调查过程符合法定程序，如执法人员不得少于两人，调查时应出示执法证件等。
审查责任：在调查结束后，海事管理机构会对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。
告知责任：在作出行政处罚决定前，海事管理机构会书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利，以及要求听证的权利。
决定责任：根据审查情况，海事管理机构会决定是否予以行政处罚，并制作相应的行政处罚决定书或不予处罚决定书。
送达责任：行政处罚决定书会当面或按照法定方式送达当事人，并制作送达回证。
执行责任：当事人应依法履行行政处罚决定。如当事人不履行，且在法定期限内不申请行政复议或提起行政诉讼，海事管理机构可以依法提请法院强制执行。
多项违法行为的处罚原则：
对于船舶存在的多项违法行为，海事管理机构会依据各项违法行为的性质、情节以及造成的后果，分别确定相应的处罚。如果各项违法行为之间存在关联或相互影响，海事管理机构在处罚时也会考虑这一因素，确保处罚的公正性和合理性。
具体处罚措施：
具体的处罚措施包括警告、罚款、没收违法所得、扣留或吊销证书等。罚款的数额会根据违法行为的严重程度和造成的后果进行确定。例如，如果船长违反了船舶安全管理证书的有关规定，根据最新的政策调整，罚款数额可能会有所下调，但仍然会在上位法规定的罚款幅度范围内进行细化。
政策调整与影响：
值得注意的是，随着相关法规和政策的不断完善和调整，如《关于修改〈中华人民共和国内河海事行政处罚规定〉的决定》的公布实施，海事管理机构在处罚时会更加注重与上位法的保持一致，并删除与现行法律不相符的内容。
综上所述，当内河船舶存在多项违法行为时，海事管理机构会依据相关法规和政策进行处罚，确保处罚的公正性、合理性和合法性。希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。