结论：行政处罚案的结案时间是否包含停业整顿时间，这主要取决于停业整顿是否被视为行政处罚执行的一部分以及具体的行政处罚决定内容。若停业整顿是行政处罚的一部分，且需在结案前完成，则其时间通常会计入结案时间；若停业整顿是独立的行政措施或后续执行内容，则可能不计入结案时间。以下是对此问题的详细分析：
一、停业整顿作为行政处罚的一部分
行政处罚决定内容：如果行政处罚决定中明确规定了停业整顿作为处罚的一部分，并且要求企业在完成停业整顿后才能视为处罚执行完毕，那么停业整顿的时间自然会计入行政处罚案的结案时间。
执行流程：在这种情况下，行政机关会监督企业完成停业整顿，并在确认企业已按照要求完成整顿后，才会出具结案通知或相关证明文件。因此，停业整顿的时间是行政处罚执行过程中的一个重要环节，直接影响结案时间。
二、停业整顿作为独立的行政措施或后续执行内容
行政措施与行政处罚的区分：有时，行政机关可能会先对企业作出行政处罚（如罚款），然后再根据企业的违法情况或整改需要，单独作出停业整顿的决定。在这种情况下，停业整顿并不直接构成行政处罚的一部分，而是作为独立的行政措施或后续执行内容。
结案时间的确定：如果停业整顿是作为独立的行政措施或后续执行内容，那么行政处罚案的结案时间通常不会因停业整顿而延长。行政机关会在完成行政处罚的执行（如罚款缴纳）后，即出具结案通知或相关证明文件。而停业整顿的时间则可能由另一份行政决定或文件来规定和监督。
三、实际操作中的考虑因素
行政处罚决定的明确性：行政处罚决定应当明确、具体地规定处罚的内容、期限和执行方式等。如果决定中未明确提及停业整顿是否计入结案时间，那么可能需要通过行政机关的解释或相关法律法规来进一步明确。
企业整改情况：无论停业整顿是否计入结案时间，企业都应当认真对待并积极配合行政机关的整改要求。如果企业未能按照要求完成整改或存在其他违法行为，行政机关可能会依法采取进一步的处罚措施或延长停业整顿期限。
建议：在实际操作中，如果企业对行政处罚案的结案时间或停业整顿的具体要求存在疑问或争议，建议及时与行政机关沟通并寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为你提供更详细的法律解释和咨询建议。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。