是的，医院与研发团队按比例共有知识产权的特殊约定是存在的，并且在实际操作中也有相关案例。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律背景与依据
在知识产权领域，尤其是专利权和著作权的归属问题上，法律并未禁止多方主体按比例共有。根据《中华人民共和国专利法》第八条：“两个以上单位或者个人合作完成的发明创造、一个单位或者个人接受其他单位或者个人委托所完成的发明创造，除另有协议的以外，申请专利的权利属于完成或者共同完成的单位或者个人；申请被批准后，申请的单位或者个人为专利权人。” 这表明，在合作完成发明创造的情况下，如果各方有协议约定，可以按照协议来确定专利权的归属，包括按比例共有。同样，对于著作权，虽然法律没有直接规定合作作品的著作权可以按比例共有，但根据《中华人民共和国著作权法》中关于合作作品的规定，合作作品的著作权由合作作者通过协商一致行使；不能协商一致，又无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让以外的其他权利，但所得收益应当合理分配给所有合作作者。这在一定程度上也体现了按比例分配收益的精神，而收益分配往往与著作权共有紧密相关。
二、实际案例
在实际操作中，医院与研发团队按比例共有知识产权的案例并不少见。例如，在医药研发领域，医院可能提供临床资源、患者样本等，而研发团队则提供技术、资金等，双方合作完成新药的研发。在这种情况下，为了明确双方的权利和义务，往往会签订合作协议，其中就包括知识产权的归属和分配问题。协议中可能会规定，新药研发成功后，专利权由医院和研发团队按一定比例共有，或者医院享有专利权，但研发团队在一定期限内享有专利实施许可权，并按照销售额的一定比例收取提成等。
三、操作建议
明确协议内容：在签订合作协议时，应明确知识产权的归属和分配问题，包括按比例共有的具体比例、共有方式（是共同共有还是按份共有）、共有期限、共有权利的行使方式等。
考虑后续管理：按比例共有知识产权后，还需要考虑后续的管理问题，如专利的维护、续展、许可使用、转让等。这些都需要在合作协议中明确约定，以避免后续产生纠纷。
寻求专业帮助：由于知识产权的归属和分配问题涉及复杂的法律和技术问题，建议在签订合作协议前咨询专业律师或知识产权代理机构的意见，以确保协议的合法性和有效性。
四、可能的风险与防范
风险：如果合作协议中未明确知识产权的归属和分配问题，或者约定不明确，可能会导致后续产生纠纷，影响合作的顺利进行。
防范：为了避免这种风险，应在合作协议中明确约定知识产权的归属和分配问题，并尽可能详细地规定各方在知识产权管理、使用、转让等方面的权利和义务。同时，还可以考虑在协议中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在发生纠纷时能够及时解决。
综上所述，医院与研发团队按比例共有知识产权的特殊约定是存在的，并且在实际操作中也有相关案例。在签订合作协议时，应明确知识产权的归属和分配问题，并考虑后续的管理和风险防范措施。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。