核心结论：发票上写了合同号，一般情况下无需特别处理，但需结合具体场景判断是否合规及有无潜在风险。以下分情况说明：

1. 正常业务场景：合同号标注无问题

• 若发票内容与合同约定的交易事项完全一致（如商品名称、数量、金额、服务内容等），合同号仅作为双方交易管理的辅助信息，不违反发票开具规定，也无需额外处理。
• 法律依据：根据《发票管理办法》及其实施细则，发票需如实反映交易内容，但未禁止标注合同号等辅助信息。实践中，企业为便于财务核对，常在发票备注栏填写合同号，属于合法操作。

2. 潜在风险场景：需警惕“虚开发票”嫌疑

• 风险点：若发票内容与合同约定不符（如合同约定购买A商品，但发票开具B商品），或合同号对应的交易实际未发生，此时标注合同号可能被税务机关认定为“虚开发票”的线索。
• 后果：根据《税收征收管理法》第六十三条，虚开发票可能面临补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）；情节严重的，可能构成犯罪（《刑法》第二百零五条）。
• 建议：立即核对发票与合同内容是否一致，若存在差异，需及时与开票方沟通更正，或通过红字发票冲销后重新开具。

3. 特殊场景：合同号涉及保密或敏感信息

• 若合同号包含企业商业秘密（如客户名称、项目代码等），且发票可能被第三方获取（如提供给客户报销时），需评估信息泄露风险。
• 建议：可要求开票方在发票备注栏用“*”或代码替代部分合同号，或通过内部系统关联合同与发票，避免直接暴露敏感信息。

4. 实务操作建议

• 保存合同与发票的对应关系：将合同复印件与发票一同存档，便于后续税务检查或审计时证明交易真实性。
• 定期自查：企业财务应定期核对发票与合同、资金流、物流的“四流一致”，降低税务风险。
• 沟通开票方：若对发票内容有疑问，及时联系开票方确认，避免因信息误差导致合规问题。

总结：发票标注合同号本身不违法，但需确保交易真实、内容一致。若存在异常，需立即处理以规避风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规操作。