结论前置：日千分之一的标准计算违约金是否过分高于实际损失，不能一概而论，需结合具体违约情况、实际损失、合同双方的具体状况以及行业惯例等因素综合判断。
一、法律依据与合法性
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，日千分之一的违约金约定，在双方自愿、平等、公平协商的基础上，且不违反法律法规强制性规定的前提下，是合法的。
二、判断违约金是否过高的标准
实际损失对比：
- 核心标准是违约金是否明显超出因违约行为给守约方造成的实际损失。这包括直接损失和间接损失，如合同履行后可以获得的利益等。
- 司法实践中，如果违约金超过造成损失的一定比例（如30%），就可能被认定为过高。但具体比例并非绝对，还需结合其他因素综合考量。
违约行为的性质与后果：
- 考虑违约行为的严重性及其可能给对方带来的后果。例如，涉及商业机密保护的合同，违约可能导致巨大经济损失和商业声誉损害，此时较高的违约金可能被认为是合理的。
行业惯例与市场行情：
- 不同行业对于违约金的支付标准存在差异。如果特定行业中普遍认可的违约金标准远低于日千分之一，那么在该行业的合同纠纷中，日千分之一的违约金就可能被认定过高。
当事人的过错程度与合同履行情况：
- 这也是判断违约金是否合理的重要因素。如果违约方存在明显过错或恶意违约，且合同履行情况较差，那么较高的违约金可能被视为合理。
三、具体案例分析
短期、大额商业合同：
- 在这类合同中，违约行为往往会导致较大的经济损失和商誉损害。因此，日千分之一的违约金可能并不被认为过高，甚至可能被视为对违约方的一种有效惩戒。
日常生活小额合同纠纷：
- 如果违约行为造成的实际损失较小，而按照日千分之一计算的违约金数额远远超过了实际损失，那么这一标准可能会被视为不合理，并有可能被法院或仲裁机构调整降低。
四、操作建议
明确约定：
- 在签订合同时，双方应充分协商并明确违约金的计算方式和数额，确保其既符合法律法规的要求，又能有效保护双方的合法权益。
合理设置：
- 违约金的设置应合理，既要对违约方起到惩戒作用，又要避免过高导致不公平。在设置违约金时，可以参考行业惯例、市场行情以及实际损失等因素。
及时主张与调整：
- 如发生违约行为，守约方应及时主张权利，要求违约方支付违约金，并保留相关证据以备不时之需。
- 如果双方对违约金的数额有争议，可以通过协商、诉讼或仲裁等方式解决。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据实际情况对违约金进行调整。
五、计算公式示例（假设场景）
假设合同金额为\(P\)元，违约天数为\(t\)天，日违约金比例为千分之一（即0.1%），则违约金\(V\)的计算公式为：
\(V = P \times 0.1\% \times t\)
例如，合同金额为100万元，违约天数为10天，则违约金为：
\(V = 1,000,000 \times 0.1\% \times 10 = 10,000\)元
但请注意，这只是一个假设场景下的计算公式。在实际应用中，违约金的计算还需根据具体合同条款和实际情况进行确定。
综上所述，日千分之一的标准计算违约金是否过分高于实际损失需根据具体情况判断。在签订合同时，双方应充分考虑各种因素并合理设置违约金条款；在发生争议时，应及时寻求法律途径解决以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。