结论：只起诉座位险不起诉交强险时，是否需要扣除交强险部分款项，需分情况讨论，具体如下：

1. 交强险与座位险的赔偿顺序和范围
   交强险（机动车交通事故责任强制保险）是法定强制保险，主要赔偿第三方（受害人）的人身伤亡和财产损失，其赔偿顺序优先于商业险（如座位险）。座位险属于商业险，通常赔偿本车乘客因事故导致的人身伤亡，且以合同约定的限额为限。

   • 若事故涉及第三方损失，交强险需先赔付第三方，剩余部分才可能由商业险（如座位险）补充赔偿。
     
   • 若事故仅涉及本车乘客伤亡（无第三方损失），交强险不直接赔付乘客，此时座位险的赔偿无需扣除交强险部分，直接按合同约定赔付。

2. 起诉对象与赔偿责任的关系

   • 若仅起诉座位险的保险公司：法院通常仅审理座位险的赔偿范围，不会主动审查交强险的赔付情况。但若被告（保险公司）提出抗辩，主张应由交强险先赔付，法院可能要求原告追加交强险保险公司为共同被告，或直接扣除交强险应赔付的金额后，再判决座位险赔偿剩余部分。
     
   • 若未起诉交强险保险公司：实践中，法院可能以“遗漏必要诉讼参与人”为由，要求原告追加交强险保险公司，否则可能驳回起诉或仅处理座位险部分。但若原告明确放弃对交强险的索赔，且座位险保险公司同意直接赔付，法院可能支持，但需以合同约定和证据充分为前提。

3. 实务建议

   • 完整索赔：为最大限度保障权益，建议同时起诉交强险和座位险的保险公司，避免因顺序问题导致赔偿不足。
     
   • 证据准备：若仅起诉座位险，需提供充分证据证明交强险无需赔付（如事故仅涉及本车乘客、无第三方损失），或交强险已赔付完毕（如交强险限额已用尽）。
     
   • 合同审查：仔细阅读座位险条款，部分合同可能约定“交强险赔付不足部分由座位险补充”，此时需扣除交强险部分；若合同无此约定，可主张直接按座位险限额赔付。

总结：是否扣除交强险部分款项，需结合事故类型、保险条款和诉讼策略综合判断。建议根据具体情况咨询专业律师，制定最优索赔方案。