在刑事案件中，针对多名被告基于部分认罪、部分不认罪的情况进行分开审理，其法律依据主要源于刑事诉讼法的相关规定以及司法实践中的操作惯例。

首先，明确结论：

刑事案件中，对多名被告基于部分认罪、部分不认罪进行分开审理，主要是基于诉讼效率、公正审判以及保护被告人合法权益的考虑，并依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定进行。

接下来，详细分析：

1. 诉讼效率：

   • 在刑事案件中，若多名被告人的认罪情况不一致，将认罪与不认罪的被告人分开审理，可以更有效地利用司法资源，提高诉讼效率。
   • 分开审理可以避免因部分被告人的认罪而影响其他被告人的辩护权利，确保审判的公正性。

2. 公正审判：

   • 《中华人民共和国刑事诉讼法》第八条规定：“人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定，保障诉讼参与人依法享有的诉讼权利”。
   • 分开审理可以确保每个被告人都能得到公正的审判，避免因为其他被告人的认罪或辩护策略而受到不公正的影响。

3. 保护被告人合法权益：

   • 分开审理可以确保每个被告人都能充分行使自己的辩护权利，不会因为其他被告人的认罪而被迫接受不利的审判结果。
   • 同时，分开审理也有助于法院更清晰地审理案件，准确判断每个被告人的刑事责任。

4. 法律依据：

   • 虽然《中华人民共和国刑事诉讼法》并未直接规定必须分开审理部分认罪、部分不认罪的被告人，但根据该法的相关规定以及司法实践，法院有权根据案件的具体情况，决定是否分开审理。
   • 在实际操作中，法院通常会根据被告人的认罪情况、案件复杂度以及诉讼效率等因素，综合考虑是否分开审理。

最后，总结建议：

在刑事案件中，针对多名被告基于部分认罪、部分不认罪的情况，法院有权根据案件的具体情况和诉讼需要，决定是否分开审理。这一做法既符合诉讼效率的要求，又能确保审判的公正性和被告人合法权益的保护。如有具体案件需要咨询，请直接向我提问，我将结合案件具体情况提供更详细的法律建议。