员工每天工作12小时，在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。因此，在常规情况下，要求员工每天工作12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
二、特定条件下的合法性分析
特殊工时制度：
- 综合计算工时工作制：对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，如连续作业或受季节及自然条件限制的行业，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。在此制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间（例如，一个月约为167小时）。若企业实行此类工时制且经过审批，员工每天工作12小时在综合计算周期内平均下来符合规定，则是合法的。
- 不定时工作制：对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可实行不定时工作制。在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定，但同样需经过劳动行政部门审批。
加班的合法性：
- 用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。超出此范围的加班均属违法，即使与劳动者协商一致也不能违反法律规定。若员工每天工作12小时中包含了合法的加班时间，且加班时间未超出法定限制，同时用人单位支付了相应的加班工资，那么这种安排在特定条件下可能是合法的。但需注意，即使支付加班费，每日工作时间也不得超过法定上限（一般每日不得超过3小时加班，且每月总加班时间不得超过36小时），否则仍属违法。
紧急情况下的例外：
- 在自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
三、法律责任与救济途径
- 若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。
- 同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬（平时加班）；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的报酬。
- 若用人单位未按时足额支付劳动报酬、低于最低工资标准支付工资、不支付加班费等，劳动者还有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条的规定，要求用人单位支付相应的赔偿金。
四、建议与总结
- 对于劳动者：应充分了解自己的工作时间权益，若发现用人单位违法安排长时间工作，有权拒绝并要求支付加班费或进行补偿。协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
- 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间，确保工时安排的合法性和合理性。若需延长工作时间，应确保符合法律规定并经过相应审批程序。
综上所述，员工每天工作12小时在一般情况下是不合法的，但在特定条件下（如经过审批的特殊工时制度、合法的加班且未超法定限制、紧急情况等）可能合法。劳动者应了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取适当的行动来保护自己。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。